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ecletica-325	1	1	eq02-af	ORG
ecletica-325	1	2	simulação de dinâmica	PERSON
ecletica-325	1	3	das técnicas computacionais mais versáteis para o estudo de macromoléculas biológicas	ORG
ecletica-325	2	1	1-4	CARDINAL
ecletica-325	3	1	planejamento racional de fármacos baseado	PERSON
ecletica-325	3	2	simulações de dm têm contribuído	ORG
ecletica-325	3	3	4	CARDINAL
ecletica-325	4	1	a metodologia da dm é fundamentada nos	PERSON
ecletica-325	4	2	da mecânica clássica e	PERSON
ecletica-325	4	3	informações sobre	ORG
ecletica-325	4	4	dinâmico microscópico	PERSON
ecletica-325	4	5	átomos individuais que	PERSON
ecletica-325	4	6	o	DATE
ecletica-325	4	7	7,8	CARDINAL
ecletica-325	5	1	para se obter	PERSON
ecletica-325	5	2	macroscópicas de interesse	ORG
ecletica-325	5	3	da mecânica estatística é requerida	PERSON
ecletica-325	5	4	tem	ORG
ecletica-325	5	5	função de calcular propriedades	ORG
ecletica-325	5	6	macroscópicas	ORG
ecletica-325	5	7	pressão	GPE
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ecletica-325	7	7	teoria e aplicações	PERSON
ecletica-325	7	8	a. m. namba*	PERSON
ecletica-325	7	9	b. da silva	PERSON
ecletica-325	8	1	c. h.	PERSON
ecletica-325	9	1	da silva departamento de ciências farmacêuticas	PERSON
ecletica-325	9	2	faculdade de ciências farmacêuticas de ribeirão	ORG
ecletica-325	9	3	de são paulo	PERSON
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ecletica-325	10	3	brasil *	GPE
ecletica-325	11	1	ferramenta computacional poderosa	ORG
ecletica-325	11	2	química	GPE
ecletica-325	11	3	racional de fármacos	ORG
ecletica-325	12	1	dm é uma	ORG
ecletica-325	12	2	extensão da mecânica	PERSON
ecletica-325	12	3	dinâmico de um sistema	ORG
ecletica-325	12	4	da integração	PERSON
ecletica-325	12	5	numérica das equações de movimento	PERSON
ecletica-325	13	1	técnica tem sido usada extensivamente para auxiliar e complementar o planejamento de novos ligantes de um	PERSON
ecletica-325	13	2	bem como estimar	PERSON
ecletica-325	14	1	este artigo enfoca	PERSON
ecletica-325	14	2	teoria básica da dm clássica e suas importantes	PERSON
ecletica-325	14	3	aplicações no planejamento racional de potenciais	ORG
ecletica-325	14	4	compostos bioativos	PERSON
ecletica-325	15	1	campo de força	ORG
ecletica-325	15	2	planejamento de fármacos	PERSON
ecletica-325	15	3	na mecânica	PERSON
ecletica-325	15	4	moléculas são	PERSON
ecletica-325	15	5	como uma coleção de átomos que pode ser descrita por	ORG
ecletica-325	15	6	são tratadas como uma coleção de partículas	ORG
ecletica-325	15	7	unidas por	ORG
ecletica-325	15	8	harmônicas ou elásticas	LOC
ecletica-325	16	1	potenciais de interação entre	ORG
ecletica-325	16	2	partículas é referido como	ORG
ecletica-325	17	1	o campo de força empírico	PERSON
ecletica-325	17	2	tal como é conhecido como uma função energia potencial	ORG
ecletica-325	17	3	permite que	ORG
ecletica-325	17	4	v(r	PERSON
ecletica-325	17	5	seja calculada como	PERSON
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ecletica-325	18	1	v(r	PERSON
ecletica-325	18	2	descrito como	PERSON
ecletica-325	18	3	incluindo os termos para átomos ligados	ORG
ecletica-325	18	4	átomos nãoligados	PERSON
ecletica-325	18	5	interações de van der waals e de coulomb	ORG
ecletica-325	19	1	típico campo de força é	PERSON
ecletica-325	19	2	pela	PERSON
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ecletica-325	19	9	de equilíbrio	PERSON
ecletica-325	19	10	seu	ORG
ecletica-325	19	11	de equilíbrio	PERSON
ecletica-325	19	12	energia	ORG
ecletica-325	19	13	das interações de van der waals e	PERSON
ecletica-325	19	14	energias de atração ou repulsão	PERSON
ecletica-325	20	1	para representar	PERSON
ecletica-325	20	2	harmônicos devido	PERSON
ecletica-325	20	3	relação aos valores de equilíbrio é	PERSON
ecletica-325	20	4	a utilização da lei de hooke	PERSON
ecletica-325	20	5	2	CARDINAL
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ecletica-325	20	8	θ são	ORG
ecletica-325	20	9	l0 e	ORG
ecletica-325	20	10	são	ORG
ecletica-325	20	11	de equilíbrio e	PERSON
ecletica-325	20	12	constantes de força para	ORG
ecletica-325	20	13	aos respectivos valores de equilíbrio	ORG
ecletica-325	21	1	aproximação harmônica é	ORG
ecletica-325	21	2	para pequenas distorções	PERSON
ecletica-325	21	3	relação aos valores de equilíbrio	PERSON
ecletica-325	22	1	para representar o potencial de energia para	PERSON
ecletica-325	22	2	torção está mostrada na equação 4	ORG
ecletica-325	22	3	4	CARDINAL
ecletica-325	22	4	n é	ORG
ecletica-325	22	5	uma torção completa	ORG
ecletica-325	22	6	φ é	ORG
ecletica-325	22	7	γ é o ângulo de fase	ORG
ecletica-325	22	8	que pode gerar um ponto	ORG
ecletica-325	22	9	de mínimo ou de máximo na posição	PERSON
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ecletica-325	25	1	alguns campos de força	PERSON
ecletica-325	25	2	para manter	PERSON
ecletica-325	25	3	ainda	ORG
ecletica-325	25	4	da mesma	PERSON
ecletica-325	26	1	potencial é denominado	PERSON
ecletica-325	27	1	interações entre pares de átomos nãoligados covalentemente	ORG
ecletica-325	27	2	por potenciais compostos pelos termos de van der waals e eletrostático	ORG
ecletica-325	27	3	pelos potenciais	PERSON
ecletica-325	27	4	de lennard-jones	PERSON
ecletica-325	27	5	6-12	CARDINAL
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ecletica-325	28	5	interpartícula	PERSON
ecletica-325	28	6	é zero	ORG
ecletica-325	29	1	ambos são parâmetros ajustados experimentalmente ou por	ORG
ecletica-325	30	1	das interações	GPE
ecletica-325	30	2	6	CARDINAL
ecletica-325	30	3	das cargas pontuais de cada	PERSON
ecletica-325	30	4	entre	GPE
ecletica-325	30	5	espaço livre e	PERSON
ecletica-325	30	6	relativa	ORG
ecletica-325	30	7	meio	PERSON
ecletica-325	31	1	campos de forças	PERSON
ecletica-325	31	2	existentes foram desenvolvidos de maneira independente e	ORG
ecletica-325	31	3	todos	GPE
ecletica-325	31	4	conjuntos de parâmetros específicos	ORG
ecletica-325	32	1	alguns	ORG
ecletica-325	32	2	outros termos	ORG
ecletica-325	32	3	descrever especificamente	PERSON
ecletica-325	32	4	ligações de hidrogênio ou para	PERSON
ecletica-325	32	5	entre ângulos e comprimentos de ligação	FAC
ecletica-325	32	6	o objetivo de se obter uma melhor concordância	PERSON
ecletica-325	33	1	resultados	ORG
ecletica-325	33	2	na elaboração de um	PERSON
ecletica-325	33	3	parâmetros bem definidos	PERSON
ecletica-325	34	1	campo de força depende	ORG
ecletica-325	34	2	e das propriedades que	PERSON
ecletica-325	34	3	serão investigadas	PERSON
ecletica-325	35	1	campos de força mais utilizados	PERSON
ecletica-325	35	2	são charmm	PERSON
ecletica-325	35	3	12	CARDINAL
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ecletica-325	38	2	entre outros	ORG
ecletica-325	39	1	17	CARDINAL
ecletica-325	39	2	da equação de movimento	PERSON
ecletica-325	39	3	que pode ser descrita para um sistema	ORG
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ecletica-325	42	2	partícula	GPE
ecletica-325	42	3	vez definido	PERSON
ecletica-325	42	4	o campo de força	PERSON
ecletica-325	42	5	é possível calcular	PERSON
ecletica-325	42	6	atuam sobre cada	ORG
ecletica-325	42	7	primeira da energia potencial	PERSON
ecletica-325	42	8	campo de força	ORG
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ecletica-325	44	1	partir desta	GPE
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ecletica-325	44	3	de movimento	PERSON
ecletica-325	44	4	pode-se obter	ORG
ecletica-325	44	5	por sua vez	ORG
ecletica-325	44	6	e velocidades de cada partícula	ORG
ecletica-325	44	7	energias potencial e cinética	ORG
ecletica-325	44	8	sistema	PERSON
ecletica-325	45	1	aplicando-se	GPE
ecletica-325	45	2	procedimento	GPE
ecletica-325	45	3	se denomina de “trajetória	PERSON
ecletica-325	45	4	que nada mais	ORG
ecletica-325	46	1	que	ORG
ecletica-325	46	2	partícula ao longo	PERSON
ecletica-325	47	1	das equações de movimento	PERSON
ecletica-325	47	2	das equações de movimento é realizada através	PERSON
ecletica-325	47	3	de algoritmos	PERSON
ecletica-325	47	4	nos métodos	PERSON
ecletica-325	47	5	das diferenças finitas	PERSON
ecletica-325	47	6	nos quais	ORG
ecletica-325	48	1	passos de integração	ORG
ecletica-325	49	1	27	CARDINAL
ecletica-325	49	2	freqüência	PERSON
ecletica-325	49	3	que muitas vezes são	ORG
ecletica-325	49	4	vibrações das ligações	PERSON
ecletica-325	50	1	equações de movimento é o algoritmo de verlet	PERSON
ecletica-325	50	2	que utiliza	ORG
ecletica-325	50	3	posições e acelerações	ORG
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ecletica-325	50	5	para determinar	PERSON
ecletica-325	50	6	9	CARDINAL
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ecletica-325	50	8	este algoritmo pode ser obtido através da expansão	PERSON
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ecletica-325	51	1	somando-se	ORG
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ecletica-325	52	3	algoritmo de verlet	ORG
ecletica-325	52	4	existem outros algoritmos de integração confiáveis como o algoritmo de beeman	ORG
ecletica-325	52	5	28	CARDINAL
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ecletica-325	54	1	quím.	PERSON
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ecletica-325	54	5	o	DATE
ecletica-325	54	6	de configurações e	PERSON
ecletica-325	55	1	das equações de newton e que representam o	PERSON
ecletica-325	55	2	é chamado de	ORG
ecletica-325	55	3	17	CARDINAL
ecletica-325	56	1	uma das primeiras opções de	PERSON
ecletica-325	56	2	constantes durante	PERSON
ecletica-325	57	1	outras alternativas para esse	PERSON
ecletica-325	57	2	foram desenvolvidas	ORG
ecletica-325	57	3	nas quais se controla separadamente	ORG
ecletica-325	57	4	temperatura	ORG
ecletica-325	57	5	t	GPE
ecletica-325	57	6	pressão	GPE
ecletica-325	58	1	dentre esses encontram-se o grand-canônico ou	PERSON
ecletica-325	58	2	potencial químico	ORG
ecletica-325	58	3	temperatura constantes	ORG
ecletica-325	58	4	número de partículas	PERSON
ecletica-325	58	5	temperatura constantes	ORG
ecletica-325	58	6	isobárico-isoentapico ou nph	ORG
ecletica-325	58	7	pressão e entalpia constantes	PERSON
ecletica-325	58	8	pressão e	ORG
ecletica-325	58	9	temperatura constantes	ORG
ecletica-325	59	1	17,26	CARDINAL
ecletica-325	60	1	controle da temperatura e da pressão durante	PERSON
ecletica-325	60	2	simulações de dm o controle de t pode ser obtido através de um	ORG
ecletica-325	60	3	30	CARDINAL
ecletica-325	60	4	para manter	PERSON
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ecletica-325	63	1	outros métodos	ORG
ecletica-325	63	2	sofisticados como	PERSON
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ecletica-325	65	1	para o controle da pressão	PERSON
ecletica-325	65	2	por p	ORG
ecletica-325	65	3	átomos pelas	PERSON
ecletica-325	65	4	coordenadas atômicas	PERSON
ecletica-325	66	1	barostatos mais utilizados são os de berendsen	ORG
ecletica-325	66	2	30	CARDINAL
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ecletica-325	67	1	condições iniciais	PERSON
ecletica-325	67	2	minimização de energia e	PERSON
ecletica-325	67	3	para se realizar uma simulação de dm é importante especificar	PERSON
ecletica-325	67	4	posições iniciais	PERSON
ecletica-325	67	5	das partículas que constituem	PERSON
ecletica-325	67	6	o	DATE
ecletica-325	68	1	é conveniente situar inicialmente	ORG
ecletica-325	68	2	posições de uma rede cristalina	ORG
ecletica-325	68	3	gerando uma caixa de simulação que pode adotar diferentes	ORG
ecletica-325	69	1	é comprovado que os	ORG
ecletica-325	69	2	resultados	ORG
ecletica-325	69	3	11/12/08	CARDINAL
ecletica-325	69	4	15	CARDINAL
ecletica-325	69	5	simulações são praticamente	ORG
ecletica-325	69	6	tipo de geometria utilizada para	PERSON
ecletica-325	69	7	caixas de simulação	ORG
ecletica-325	70	1	usadas são	PERSON
ecletica-325	70	2	octaédrica	GPE
ecletica-325	71	1	antes de se iniciar	ORG
ecletica-325	71	2	simulações de dm	ORG
ecletica-325	71	3	o sistema deve ser minimizado para eliminar maus	PERSON
ecletica-325	71	4	entre	GPE
ecletica-325	71	5	átomos	PERSON
ecletica-325	72	1	também conhecida como otimização da geometria	ORG
ecletica-325	72	2	é uma técnica que visa encontrar um conjunto de coordenadas que minimizam	ORG
ecletica-325	72	3	sistema de interesse	ORG
ecletica-325	73	1	o procedimento básico consiste	PERSON
ecletica-325	73	2	de maneira que	ORG
ecletica-325	73	3	sistema	PERSON
ecletica-325	73	4	é	GPE
ecletica-325	74	1	de ajustes	PERSON
ecletica-325	74	2	posições atômicas	PERSON
ecletica-325	74	3	o processo relaxa	PERSON
ecletica-325	74	4	distorções	GPE
ecletica-325	74	5	ligações químicas	PERSON
ecletica-325	74	6	nos	ORG
ecletica-325	74	7	entre	GPE
ecletica-325	74	8	ligações	DATE
ecletica-325	74	9	nos contatos de van der waals	ORG
ecletica-325	75	1	7,34	CARDINAL
ecletica-325	76	1	o	DATE
ecletica-325	76	2	sistema minimizado possui	ORG
ecletica-325	76	3	pequenas sobre	PERSON
ecletica-325	76	4	cada	GPE
ecletica-325	76	5	como estrutura de partida para iniciar	ORG
ecletica-325	76	6	simulações de dm.	ORG
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ecletica-325	77	4	método steepest descent usa	ORG
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ecletica-325	77	6	direção para	ORG
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ecletica-325	79	2	está longe de um ponto	PERSON
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ecletica-325	80	1	uma minimização mais eficiente pode ser obtida utilizando-se o algoritmo dos	ORG
ecletica-325	80	2	gradientes conjugados ou o método de newton-raphson	PERSON
ecletica-325	81	1	técnica de gradientes	ORG
ecletica-325	81	2	informação das prévias derivadas primeiras para determinar uma direção ótima da busca	PERSON
ecletica-325	82	1	método de newtonraphson usa tanto	ORG
ecletica-325	82	2	derivadas primeiras quanto	ORG
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ecletica-325	83	2	aquecido para	PERSON
ecletica-325	83	3	temperatura de interesse t0	ORG
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ecletica-325	84	1	condições iniciais de uma simulação de dm distam muito	ORG
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ecletica-325	86	2	o	DATE
ecletica-325	86	3	se denomina de “período de equilibração	PERSON
ecletica-325	87	1	sistema não se mantêm constantes	ORG
ecletica-325	88	1	o período de equilibração	PERSON
ecletica-325	88	2	é variável e depende	ORG
ecletica-325	89	1	quando se alcança	PERSON
ecletica-325	90	1	o	DATE
ecletica-325	90	2	termodinâmico	ORG
ecletica-325	91	1	pode-se	ORG
ecletica-325	91	2	diferentes	ORG
ecletica-325	91	3	para o sistema de interesse	PERSON
ecletica-325	92	1	sistemas moleculares	PERSON
ecletica-325	92	2	apresentam movimentos	PERSON
ecletica-325	92	3	diferentes	ORG
ecletica-325	92	4	escalas temporais	PERSON
ecletica-325	92	5	considerando tanto	PERSON
ecletica-325	93	1	normalmente essas	ORG
ecletica-325	93	2	últimas são de ordem de	PERSON
ecletica-325	93	3	das primeiras	PERSON
ecletica-325	93	4	de modo que	PERSON
ecletica-325	93	5	são muito mais	PERSON
ecletica-325	94	1	dessa forma os	PERSON
ecletica-325	94	2	passos de integração	ORG
ecletica-325	94	3	devem ser aumentados	ORG
ecletica-325	95	1	entanto	ORG
ecletica-325	95	2	forem congelados	ORG
ecletica-325	95	3	cálculo das interações	ORG
ecletica-325	95	4	graus de liberdade	ORG
ecletica-325	95	5	aos movimentos de maior frequência	ORG
ecletica-325	95	6	pode-se conseguir uma maior eficiência através da utilização de um passo temporal	ORG
ecletica-325	95	7	das equações	PERSON
ecletica-325	95	8	movimento	ORG
ecletica-325	95	9	reduzindo consideravelmente o custo computacional	ORG
ecletica-325	96	1	19	CARDINAL
ecletica-325	97	1	berendsen e van gunsteren verificaram que quando se aplicam	PERSON
ecletica-325	98	1	pode ser aumentado quatro	ORG
ecletica-325	98	2	físico	GPE
ecletica-325	98	3	sistema seja	ORG
ecletica-325	99	1	41	CARDINAL
ecletica-325	100	1	existem vários métodos	ORG
ecletica-325	100	2	usados para realizar	ORG
ecletica-325	101	1	42	CARDINAL
ecletica-325	102	1	mais utilizados são	ORG
ecletica-325	102	2	44	CARDINAL
ecletica-325	102	3	45	CARDINAL
ecletica-325	103	1	condições periódicas de contorno	PERSON
ecletica-325	103	2	simulações de dm	ORG
ecletica-325	103	3	102	CARDINAL
ecletica-325	103	4	sendo	ORG
ecletica-325	103	5	número de avogadro	PERSON
ecletica-325	104	1	assim	PERSON
ecletica-325	104	2	nas simulações de dm o número relativo de eq02-af	PERSON
ecletica-325	104	3	11/12/08	CARDINAL
ecletica-325	104	4	16	CARDINAL
ecletica-325	104	5	é muito maior	PERSON
ecletica-325	104	6	que para um	ORG
ecletica-325	104	7	macroscópico	GPE
ecletica-325	104	8	causando efeitos de superfície indesejáveis	ORG
ecletica-325	105	1	forma mais comum de minimizar os efeitos de superfície e obter	ORG
ecletica-325	105	2	macroscópicas	PRODUCT
ecletica-325	105	3	partir das trajetórias das simulações de dm é	PERSON
ecletica-325	105	4	de condições periódicas de contorno	ORG
ecletica-325	106	1	18,19	CARDINAL
ecletica-325	107	1	efeitos de superfície são	ORG
ecletica-325	107	2	consideradas sofrem o efeito	ORG
ecletica-325	107	3	das forças como se estivessem no	PERSON
ecletica-325	107	4	nesta técnica	PERSON
ecletica-325	107	5	sistema são colocados	PERSON
ecletica-325	107	6	normalmente cúbica	ORG
ecletica-325	108	1	todas	GPE
ecletica-325	108	2	simulações	GPE
ecletica-325	108	3	das caixas imagem	PERSON
ecletica-325	109	1	pela	PERSON
ecletica-325	110	1	assim	ORG
ecletica-325	110	2	de átomos na caixa central	PERSON
ecletica-325	111	1	das condições periódicas de contorno	PERSON
ecletica-325	111	2	avaliação das	PERSON
ecletica-325	111	3	exercidas sobre	PRODUCT
ecletica-325	111	4	por todas	ORG
ecletica-325	111	5	demais moléculas	PERSON
ecletica-325	112	1	contém	ORG
ecletica-325	112	2	partículas e o potencial se	ORG
ecletica-325	112	3	das interações entre pares de partículas	ORG
ecletica-325	112	4	então existem termos	ORG
ecletica-325	113	1	partículas das caixas imagem	PERSON
ecletica-325	113	2	têm que ser incluídas nessa	ORG
ecletica-325	114	1	isso	PERSON
ecletica-325	114	2	constará de infinitos termos e	ORG
ecletica-325	114	3	na prática	ORG
ecletica-325	114	4	sua avaliação	ORG
ecletica-325	115	1	para o tratamento	PERSON
ecletica-325	115	2	das interações de curto	PERSON
ecletica-325	115	3	interações de van der waals	ORG
ecletica-325	115	4	procedimento denominado convenção da imagem	PERSON
ecletica-325	116	1	17	CARDINAL
ecletica-325	116	2	que é uma conseqüência	ORG
ecletica-325	116	3	uso das condições periódicas de contorno	PERSON
ecletica-325	117	1	nesse caso	ORG
ecletica-325	117	2	é empregado	ORG
ecletica-325	117	3	geralmente da ordem de l/2	PERSON
ecletica-325	117	4	l é	DATE
ecletica-325	118	1	da célula de simulação	PERSON
ecletica-325	118	2	para evitar	PERSON
ecletica-325	119	1	sua própria imagem ou com	PERSON
ecletica-325	119	2	partícula duas	PERSON
ecletica-325	119	3	17	CARDINAL
ecletica-325	120	1	tratamento	GPE
ecletica-325	120	2	das interações de longo alcance como dito anteriormente	PERSON
ecletica-325	120	3	interações de vdw podem ser tratadas apenas como interações	ORG
ecletica-325	121	1	quím.	PERSON
ecletica-325	122	1	são paulo	PERSON
ecletica-325	122	2	33(4	DATE
ecletica-325	122	3	13-24, 2008	DATE
ecletica-325	122	4	uma vez que	ORG
ecletica-325	122	5	o aumento da distância entre	PERSON
ecletica-325	123	1	1719	CARDINAL
ecletica-325	124	1	entanto	ORG
ecletica-325	124	2	para o tratamento	PERSON
ecletica-325	124	3	das interações de longo	PERSON
ecletica-325	124	4	abrupto	ORG
ecletica-325	124	5	muitos casos	ORG
ecletica-325	124	6	resultados das simulações	PERSON
ecletica-325	125	1	47	CARDINAL
ecletica-325	125	2	em somas de ewald	ORG
ecletica-325	126	1	49	CARDINAL
ecletica-325	127	1	50	CARDINAL
ecletica-325	128	1	51	CARDINAL
ecletica-325	128	2	trajetórias estáveis	PERSON
ecletica-325	128	3	por métodos	ORG
ecletica-325	128	4	que empregam aproximação	ORG
ecletica-325	128	5	campo de reação	ORG
ecletica-325	128	6	17,46,48	CARDINAL
ecletica-325	129	1	dinâmica molecular de sistemas	PERSON
ecletica-325	129	2	podem ser utilizados	ORG
ecletica-325	129	3	para realizar simulações de dm de sistemas	PERSON
ecletica-325	129	4	modelo de solvatação	PERSON
ecletica-325	130	1	primeiro modelo	PERSON
ecletica-325	130	2	centenas ou milhares de moléculas de solvente são	PERSON
ecletica-325	130	3	sistema como um componente adicional	ORG
ecletica-325	130	4	52	CARDINAL
ecletica-325	131	1	foram desenvolvidos e parametrizados para descrever	ORG
ecletica-325	131	2	moléculas de água	PERSON
ecletica-325	132	1	mais utilizados são	ORG
ecletica-325	132	2	por jorgensen e colaboradores	ORG
ecletica-325	132	3	53	CARDINAL
ecletica-325	132	4	spc e spc/e	ORG
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ecletica-325	132	6	54	CARDINAL
ecletica-325	132	7	modelo st2 de stillinger e rahman	PERSON
ecletica-325	133	1	55	CARDINAL
ecletica-325	134	1	alguns casos	ORG
ecletica-325	134	2	tais como sistemas de proteína muito grandes	ORG
ecletica-325	134	3	que reduzem	ORG
ecletica-325	134	4	custo computacional	ORG
ecletica-325	134	5	das simulações	PERSON
ecletica-325	135	1	um tratamento	ORG
ecletica-325	135	2	direta da energia livre de solvatação	PERSON
ecletica-325	135	3	definida como o trabalho	PERSON
ecletica-325	135	4	necessário para transferir	PERSON
ecletica-325	135	5	fixa	ORG
ecletica-325	135	6	vácuo para	PERSON
ecletica-325	136	1	método de solvatação	ORG
ecletica-325	136	2	não considera os graus de liberdade	PERSON
ecletica-325	136	3	eq02	ORG
ecletica-325	136	4	11/12/08	CARDINAL
ecletica-325	136	5	10:22	TIME
ecletica-325	136	6	17 mas	QUANTITY
ecletica-325	136	7	trata como um	ORG
ecletica-325	136	8	meio	NORP
ecletica-325	137	1	tais como	ORG
ecletica-325	138	1	modelo de área	PERSON
ecletica-325	138	2	sasa	NORP
ecletica-325	139	1	56,57	CARDINAL
ecletica-325	139	2	muitas vezes constituem formas simples e rápidas de avaliação da energia de solvatação	ORG
ecletica-325	139	3	aos modelos teóricos	PERSON
ecletica-325	140	1	na abordagem	PERSON
ecletica-325	140	2	sasa	NORP
ecletica-325	140	3	das contribuições atômicas	PERSON
ecletica-325	140	4	ponderada pelas suas	ORG
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ecletica-325	141	2	é quantificada	PERSON
ecletica-325	142	1	56,57	CARDINAL
ecletica-325	143	1	modelo de solvatação contínuo	PERSON
ecletica-325	143	2	tem	ORG
ecletica-325	143	3	destacado para descrever	PERSON
ecletica-325	144	1	nesta abordagem	ORG
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ecletica-325	144	3	como uma	ORG
ecletica-325	147	1	eletrostática pode ser calculada	PERSON
ecletica-325	147	2	das soluções da equação de poisson-boltzmann	PERSON
ecletica-325	148	1	58,59	CARDINAL
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ecletica-325	148	3	modelo generalizado de	PERSON
ecletica-325	150	1	em estudos de associação de macromoléculas	ORG
ecletica-325	150	2	o	DATE
ecletica-325	151	1	devido ao seu menor custo computacional	PERSON
ecletica-325	151	2	62-65	CARDINAL
ecletica-325	151	3	reconhecida como uma excelente escolha para o	ORG
ecletica-325	151	4	tratamento	GPE
ecletica-325	152	1	66	CARDINAL
ecletica-325	153	1	têm sido realizadas	ORG
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ecletica-325	156	1	72	CARDINAL
ecletica-325	157	1	continuam os esforços de pesquisa para	PERSON
ecletica-325	157	2	parametrização	ORG
ecletica-325	158	1	73	CARDINAL
ecletica-325	159	1	da dinâmica	PERSON
ecletica-325	159	2	utilizadas para	ORG
ecletica-325	159	3	estrutura e função de biomoléculas e seus respectivos complexos	ORG
ecletica-325	159	4	por computador	ORG
ecletica-325	160	1	79	CARDINAL
ecletica-325	161	1	técnica incorpora flexibilidade de ambos	PERSON
ecletica-325	161	2	melhorando suas	PERSON
ecletica-325	161	3	entre eles	PERSON
ecletica-325	162	1	4	CARDINAL
ecletica-325	163	1	disso	ORG
ecletica-325	163	2	habilidade de incorporar	ORG
ecletica-325	163	3	moléculas de solvente nas simulações de sistemas	PERSON
ecletica-325	163	4	é muito importante para o entendimento	PERSON
ecletica-325	163	5	da água e seus	ORG
ecletica-325	163	6	sobre	GPE
ecletica-325	163	7	4	CARDINAL
ecletica-325	164	1	cavallari e colaboradores	PERSON
ecletica-325	164	2	84	CARDINAL
ecletica-325	164	3	realizaram simulações de dm para estudar	ORG
ecletica-325	164	4	contendo diferentes conteúdos de hélices	ORG
ecletica-325	164	5	13	CARDINAL
ecletica-325	164	6	25%	PERCENT
ecletica-325	165	1	o campo de força charmm foi utilizado juntamente com o modelo de solvatação	PERSON
ecletica-325	165	2	6	CARDINAL
ecletica-325	165	3	ns de simulações para cada um dos três estados da enzima	ORG
ecletica-325	166	1	interações de longo	PERSON
ecletica-325	166	2	foram	ORG
ecletica-325	166	3	usando o procedimento	PERSON
ecletica-325	166	4	300	CARDINAL
ecletica-325	166	5	mudanças conformacionais da proteína observadas durante	PERSON
ecletica-325	166	6	simulações de dm foram descritas	ORG
ecletica-325	166	7	12	CARDINAL
ecletica-325	166	8	da estrutrura média da proteína foram	ORG
ecletica-325	166	9	médios atômicos	PERSON
ecletica-325	166	10	rmfs	ORG
ecletica-325	166	11	13	CARDINAL
ecletica-325	167	1	12	CARDINAL
ecletica-325	167	2	onde ri	GPE
ecletica-325	167	3	coordenadas	ORG
ecletica-325	168	1	n é	ORG
ecletica-325	168	2	no domínio de interesse	ORG
ecletica-325	169	1	13	CARDINAL
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ecletica-325	169	3	coordenadas	ORG
ecletica-325	170	1	no passo de tempo j	WORK_OF_ART
ecletica-325	170	2	médias e ℑ é o	PERSON
ecletica-325	170	3	de simulações	PERSON
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ecletica-325	171	1	resultados	ORG
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ecletica-325	171	3	das estruturas	GPE
ecletica-325	172	1	conformações obtidas nas simulações	PERSON
ecletica-325	174	1	jri 18 ecl	ORG
ecletica-325	174	2	quím.	PERSON
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ecletica-325	174	4	33(4	DATE
ecletica-325	174	5	13-24, 2008	DATE
ecletica-325	174	6	11/12/08	CARDINAL
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ecletica-325	174	9	de ligantes através de técnicas de docking	ORG
ecletica-325	174	10	informações sobre	ORG
ecletica-325	175	1	modos de ligação de pequenas moléculas nos diferentes estados de enovelamento	ORG
ecletica-325	176	1	simulações de dm e	PERSON
ecletica-325	176	2	de energia livre de ligação	ORG
ecletica-325	176	3	linear	ORG
ecletica-325	176	4	85-89	CARDINAL
ecletica-325	176	5	foi	ORG
ecletica-325	176	6	por carlsson e colaboradores	ORG
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ecletica-325	176	8	estimar	GPE
ecletica-325	176	9	energias livres de ligação de 43	PERSON
ecletica-325	176	10	inibidores nãonucleosídeos da enzima	PERSON
ecletica-325	177	1	livre de ligação foi estimada	ORG
ecletica-325	177	2	14	DATE
ecletica-325	177	3	entre	GPE
ecletica-325	177	4	energias para os estados ligados e livres têm	PERSON
ecletica-325	177	5	consideradas.	GPE
ecletica-325	178	1	são	GPE
ecletica-325	178	2	das simulações de dm e representam os valores	PERSON
ecletica-325	178	3	médios das energias de van der waals e eletrostática	PERSON
ecletica-325	178	4	para o ligante solvatado	PERSON
ecletica-325	179	1	14	CARDINAL
ecletica-325	179	2	simulações de dm para os estados ligado e livre para cada	ORG
ecletica-325	179	3	foram	ORG
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ecletica-325	179	5	o	DATE
ecletica-325	179	6	utilizando modelo de solvatação explícita (tip3p) e o campo de força opls	ORG
ecletica-325	180	1	o algoritmo	PERSON
ecletica-325	180	2	foi utilizado para restringir	ORG
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ecletica-325	180	4	10	CARDINAL
ecletica-325	181	1	interações de longo	PERSON
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ecletica-325	181	3	campo de reação	ORG
ecletica-325	182	1	trajetórias de 500	PERSON
ecletica-325	182	2	ps de simulação	ORG
ecletica-325	182	3	foram	ORG
ecletica-325	182	4	o	DATE
ecletica-325	183	1	resultados indicaram boa correlação	ORG
ecletica-325	183	2	de energias livres de ligação experimentais	PERSON
ecletica-325	183	3	39	CARDINAL
ecletica-325	183	4	43	CARDINAL
ecletica-325	183	5	metodologia utilizada é bastante promissora	PERSON
ecletica-325	183	6	de planejamento de fármacos baseado	PERSON
ecletica-325	184	1	de maneira similar	ORG
ecletica-325	184	2	utilizaram	PERSON
ecletica-325	185	1	91	CARDINAL
ecletica-325	185	2	simulações de dm como ferramenta para cálculos de energia livre de ligação de complexos	ORG
ecletica-325	185	3	pelo método de docking flexível	PERSON
ecletica-325	185	4	duas estruturas cristalográficas da	ORG
ecletica-325	185	5	34	CARDINAL
ecletica-325	185	6	inibidores derivados de benzilpiridinonas	PERSON
ecletica-325	186	1	trajetórias de 650	PERSON
ecletica-325	186	2	ps de simulação	ORG
ecletica-325	186	3	foram	ORG
ecletica-325	186	4	obtidas no sistema nvt	PRODUCT
ecletica-325	186	5	energias livres de ligação preditas	PERSON
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ecletica-325	186	7	foram	ORG
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ecletica-325	186	9	depois validado	ORG
ecletica-325	186	10	além	ORG
ecletica-325	186	11	das energias livres relativas obtidas mostrarem boa correlação	PERSON
ecletica-325	187	1	simulações de dm também foram	ORG
ecletica-325	187	2	por hu e colaboradores em estudos	ORG
ecletica-325	188	1	suas	ORG
ecletica-325	188	2	monomérica e dimérica	PERSON
ecletica-325	189	1	82	CARDINAL
ecletica-325	190	1	quatro simulações de dm foram	ORG
ecletica-325	190	2	de força amber para	ORG
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ecletica-325	190	4	monômero complexo	PERSON
ecletica-325	190	5	e dímero complexo dímero	ORG
ecletica-325	191	1	condições periódicas de contorno	PERSON
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ecletica-325	191	5	interações não-ligadas	ORG
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ecletica-325	192	1	ps de simulação não restringida foi realizada para cada sistema	ORG
ecletica-325	193	1	gráficos da energia potencial e	PERSON
ecletica-325	193	2	desvio	PERSON
ecletica-325	193	3	de simulação de cada sistema evidenciaram uma alta estabilidade de todos	ORG
ecletica-325	193	4	300k	MONEY
ecletica-325	194	1	das simulações de dm associadas aos estudos de docking	PERSON
ecletica-325	194	2	na forma monomérica e dimérica	PERSON
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