5 Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  31  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved   REVIEW ARTICLE  Molecular differences between GM‐ and non‐GM  crops over‐estimated?  Klaus Ammann   AF‐10 20101228 opensource, New update from 28. December 2010  Correspondence Author:   klaus.ammann@ips.unibe.ch      Peer reviewed contribution available on the following websites:  Public Research Initiative: www.pubresreg.org   European Federation of Biotechnology: http://www.efb‐central.org/  S. No.  Title  Page No.  1.0.  Issue  31  2.0.  Summary  31  3.0.  Differences between GM‐ and non‐GM‐crops overestimated  32  3.1.  Early phase of risk assessment: Discovery of the dynamics of DNA processes.  32  3.2.  Molecular processes similar in natural mutation and transgenesis  32  3.3.  More recent publications about genomic  comparisons of GM‐ and non‐GM crops  33  4.0.  Natural Genetically Modified Plants, DNA as a highly dynamic system  36  4.1.  Dramatic rearrangement of R gene loci: This class of genes diversifies more rapidly than  other genes in the crops studies  36  4.2.  Jumping Genes: Their dynamics falsify the erroneous picture of regulators that DNA is a  stable string of genes  38  4.3.  Helitrons contribute to the lack of gene colinearity observed in modern maize inbreds  39  4.4.  Polyploids, Alloploids in Flowering Plants  39  4.5.  Horizontal Geneflow between Pro‐Caryotes and Eu‐Caryotes  40  5.0.  Some conventional breeding causes lots of genomic alteration  40  6.0.  Regulatory dissent over molecular differences causes transatlantic divide  41  6.1.  Perspectives for a dissolution of this divide  41  8.0.  Cited literature  42  7.0.  Conclusion  42  1.0. Issue  The  difference  between  GM‐  and  non‐GM‐crops  has  been  overestimated,  as  soon  as  genetic  engineering  has  been  applied  to  crop  breeding.  The  uncontested  understanding among scientists and in particular in risk  assessment community was that GM crops pose some  novel  risks,  unprecedented  in  conventionally  bred  crops. This has then condensed  in the United Nations  Cartagena  Protocol  on  Biosafety1,  which  needs  to  be  questioned in certain basic aspects.  2.0. Summary  After an early phase of risk assessment,  including the  results  of  the  Asilomar  Conference  on  biosafety,  an  early  divide  in  risk  assessment  basic  concepts  developed  between  Canada,  the  USA  and  Europe  including  a  majority  of  UN  signatory  countries.  Researchers  like  Werner  Arber,  based  on  earlier  molecular  insights  and  on  his  own  experience  in  genetic  engineering  claim  that  related  to  molecular  processes  there  is  no  difference  between  genetically  engineering  and  natural  mutation.  This  transatlantic  1 Cartagena Protocol on Biosafety: http://www.cbd.int/biosafety/   Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  32  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved   divide  can  be  solved  with  some  more  innovative  regulatory proceedings.   3.0. Differences between GM‐ and  non‐GM‐crops overestimated  3.1. Early phase of risk assessment:  Discovery of the dynamics of DNA processes.  In  the  wake  of  molecular  breeding,  in  particular  with  the  first  successes  of  “gene  splicing”,  the  safety  debates  started  soon  after  the  discovery  of  the  DNA  structure by Watson & Crick (Watson & Crick, 1953a, b;  Wilkins  et  al.,  1953),  followed  by  the  Asilomar  Conference  (Berg  et  al.,  1975;  Berg  &  Singer,  1995)  ‐  see  also  some  historical  accounts  (Chassy,  2007;  Friedberg, 2007; Klug, 2004). The fascination about the  novelty  of  transgenesis  was  justified,  but  also  overwhelming,  and  the  many  unforeseen  scientific  breakthroughs  following  were  unprecedented  in  the  history  of  molecular  biology.  Unfortunately,  the  enthusiasm  also  lashed  back  in  an  overacting  in  risk  assessment,  when  the  first  GM  crops  went  into  production.  The  debate  on  how  GM  crops  should  be  regulated, started very early with an emerging divide  between  regulation  in  the  US  and  Great  Britain,  including  later  the  whole  of  Europe  (Bennett  et  al.,  1986; National‐Research‐Council, 1989).  The seemingly absolute novelty of genetic engineering  on the molecular  level has been contested already  in  the  early  days  of  molecular  biology  in  the  1930s  and  1950s  with  the  discovery  of  cellular  systems  for  genome  restructuring  discovered  with  the  classic  papers  of  McClintock  (McClintock,  1930,  1953),  more  details about jumping genes see chapter 4.2.  3.2.  Molecular  processes  similar  in  natural  mutation and transgenesis  The  concept  of  violated  intrinsic  naturalness  of  the  genomes is still erroneously maintained by proponents  of  organic  farmers  (van  Bueren  et  al.,  2008;  Van  Bueren & Struik, 2004, 2005; Van Bueren et al., 2003).  This  concept of  singling  out  transgenity  is  falsified by  the publications of Arber (Nobel Laureate 1978).   Genetic  engineering  has  been  brought  into  evolutionary  perspective  of  natural  mutation  by  authorities  such  as  Werner  Arber:  his  view  remains  scientifically  uncontested  that  molecular  processes  in  transgenesis and natural mutation are basically similar  (Arber,  1994,  2000,  2002,  2003,  2004;  Arber,  2010).  The same claim is made with a more organismal view  by Hackett (Hackett, 2002).  Arber  compared  designed  genetic  alterations  (including  genetic  engineering)  with  the  spontaneous  genetic  variation  known  to  form  the  substrate  for  biological evolution (Arber, 2002):  “Site‐directed  mutagenesis  usually  affects  only  a  few  nucleotides.  Still  another  genetic  variation  sometimes  produced by genetic engineering is the reshuffling of genomic  sequences,  e.g.  if  a  given  open  reading  frame  is  brought  under a different signal for expression control or if a gene is  knocked out. All such changes have little chance to change in  fundamental  ways,  the  properties  of  the  organism.  In  addition,  it  should  be  remembered  that  the  methods  of  molecular  genetics  themselves  enable  the  researchers  anytime  to  verify  whether  the effective  genomic  alterations  correspond to their intentions, and to explore the phenotypic  changes  due  to  the  alterations.  This  forms  part  of  the  experimental  procedures  of  any  research  seriously  carried  out. Interestingly, naturally occurring molecular evolution, i.e.  the  spontaneous  generation  of  genetic  variants  has  been  seen to follow exactly the same three strategies as those used  in genetic engineering. These three strategies are:   (a)  small local changes in the nucleotide sequences,   (b)  internal reshuffling of genomic DNA segments, and  (c)  acquisition of usually rather small segments of DNA from  another type of organism by horizontal gene transfer.  However,  there  is  a  principal  difference  between  the  procedures of genetic engineering and those serving in nature  for  biological  evolution.  While  the  genetic  engineer  pre‐ reflects his alteration and verifies its results, nature places its  genetic variations more randomly and largely independent of  an identified goal. Under natural conditions, it is the pressure  of  natural  selection  which  eventually  determines,  together  with the available diversity of genetic variants, the direction  taken  by  evolution.    It  is  interesting  to  note  that  natural  selection  also  plays  its  decisive  role  in  genetic  engineering,  since  indeed  not  all  pre‐reflected  sequence  alterations  withstand the power of natural selection. Many investigators  have experienced the effect of this natural force which does  not allow functional disharmony in a mutated organism.”  Arbers  numerous  writings  (Arber,  2000,  2003,  2004)  confirm  this  important  comparison  on  the  genomic  level  of  evolutionary  and  modern  plant  breeding  processes.  But  there  is  of  course,  despite  all  the  similarities,  one  major  difference:  whereas  natural  mutation acts completely in a natural time scale, that  is,  the  mutants  will  need  hundreds  to  hundred  of  Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  33  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved   thousands of years to overcome selective processes in  nature until they really succeed and take over against  their natural competitors, this  is totally different with  the transgenic crop products: they run through a R&D  phase, and a regulatory process of an average of 15 to  20  years  until  being  completely  deregulated.  But  somewhere along this process they will be propagated  to the millions  in the field, covering  in a evolutionary  extremely short time span millions of hectares.  In  a  recent  paper,  (Coll  et  al.,  2009)  come  to  the  conclusion, that Gene expression profiles of MON810  and  comparable  non‐GM  maize  varieties  cultured  in  the  field  are  more  similar  than  are  those  of  conventional  lines.  Their  bibliography  supports  this  view with numerous peer reviewed publications.    It  is  therefore  no  surprise  that  a  natural  transgene  species  has  been  discovered  in  a  widespread  grass  genus (Ghatnekar et al., 2006).  (Miller  &  Conko,  2004)  provide  important  arguments  supporting this view:   The authors raise also in a justified way doubts about  the  commonly  used  concept  of  transgenesis.  In  the  light of pre‐recombinant DNA produced in great variety  by  conventional  breeding  with  thousands  of  foreign  genes.  “In  these  examples  of  prerecombinant‐DNA  genetic  improvement,  breeders  and  food  producers  possess  little  knowledge  of  the  exact  genetic  changes  that  produced  the  useful  trait,  information  about  what  other  changes  have  occurred concomitantly in the plant or data on the transfer of  newly  incorporated  genes  into  animals,  humans  or  microorganisms.  Consider,  for  example,  the  relatively  new  man‐made wheat  'species' Triticum agropyrotriticum, which  resulted from the wide‐cross combination of the genomes of  bread wheat and a wild grass sometimes called quackgrass or  couchgrass    (Banks  et  al.,  1993;  Sinigovets,  1987)  T.  agropyrotriticum,  which  possesses  all  the  chromosomes  of  wheat as well as the entire genome of the quackgrass, was  independently  produced  for  both  animal  feed  and  human  food  in the former Soviet Union, Canada, the United States,  France,  Germany  and  China.”  See  also  the  ASK‐FORCE  contributions on the web by K. Ammann 20092 on the same  subject.    3.3. More recent publications about genomic   comparisons of GM­ and non­GM crops  Recent  publications  demonstrate,  that  transgenesis  e.g. has less impact on the transcriptome of the wheat  grain  than  traditional  breeding  (Batista  et  al.,  2008;  Baudo et al., 2006; Shewry et al., 2007), (more details:  (Ammann, 2008, 2009)).  Two  figures  may  to  visualize  the  lower  impact  on  transcriptome  expression  of  transgenic  crops  compared to conventional ones:  Volcano plots from (Batista et al., 2008): In all observed  cases of the comparison between transgenic and non‐ transgenic  crops  the  observed  alteration  was  more  extensive  in  the  mutagenized  than  in  the  transgenic  plants:  “Controversy regarding genetically modified (GM) plants and  their  potential  impact  on  human  health  contrasts  with  the  tacit acceptance of other plants that were also modified, but  not considered as GM products (e.g., varieties raised through  conventional breeding such as mutagenesis). What is beyond  the phenotype of these improved plants? Should mutagenized  plants  be  treated  differently  from  transgenics?  We  have  evaluated the extent of transcriptome modification occurring  during  rice  improvement  through  transgenesis  versus  mutation  breeding.  We  used  oligonucleotide  microarrays  to  analyze gene expression in four different pools of four types  of rice plants and respective controls: (i) a gamma‐irradiated  stable  mutant,  (ii)  the  M1  generation  of  a  100‐Gy  gamma‐ irradiated  plant,  (iii)  a  stable  transgenic  plant  obtained  for  production  of  an  anticancer  antibody,  and  (iv)  the  T1  generation of a transgenic plant produced aiming for abiotic  stress  improvement,  and  all  of  the  unmodified  original  genotypes as controls. We found that the improvement of a  plant variety through the acquisition of a new desired trait,  using  either  mutagenesis  or  transgenesis,  may  cause  stress  and thus lead to an altered expression of untargeted genes.  In all of the cases studied, the observed alteration was more  extensive  in  mutagenized  than  in  transgenic  plants.  We  propose  that  the  safety  assessment  of  improved  plant  varieties  should  be  carried  out  on  a  case‐by‐case  basis  and  not  simply  restricted  to  foods  obtained  through  genetic  engineering.” (Batista et al., 2008)  Plots  from  (Baudo  et  al.,  2006)  are  also  clearly  demonstrating,  that  transcriptome  comparisons  between  transgenic  and  non‐transgenic  comparable  traits show substantial equivalence.  “Detailed global gene expression profiles have been obtained  for a series of transgenic and conventionally bred wheat lines  expressing additional genes encoding HMW (high molecular  weight) subunits of glutenin, a  group of endosperm‐specific  seed  storage  proteins  known  to  determine  dough  strength  and  therefore  bread‐making  quality.    Differences  in  endosperm  and  leaf  transcriptome  profiles  between  2ASK‐FORCE contribution K. Ammann 2009: Regulation: Misconcepts  cause high costs and huge delays in regulation of GM crops: http:// www.efb‐central.org/index.php/forums/viewthread/59/   Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  34  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved   untransformed and derived transgenic lines were consistently  extremely  small,  when  analysing  plants  containing  either  transgenes only, or also marker genes. Differences observed  in gene expression in the endosperm between conventionally  bred material were much larger in comparison to differences  between  transgenic  and  untransformed  lines  exhibiting  the  same complements of gluten subunits. These results suggest  that the presence of the transgenes did not significantly alter  gene  expression  and  that,  at  this  level  of  investigation,  transgenic  plants  could  be  considered  substantially  equivalent  to  untransformed  parental  lines.”  (Baudo  et  al.,  2006)  In another recent paper on transcriptomic comparison,  (Kogel  et  al.,  2010)  come  to  the  following  similar  conclusions (see also the figures):  “In  summary,  our  results  substantially  extend  observations  that  cultivar‐specific  differences  in  transcriptome  and  metabolome  greatly  exceed  effects  caused  by  transgene  expression.  Furthermore,  we  provide  evidence  that,  (i)  the  impact of a low number of alleles on the global transcript and  metabolite profile is stronger than transgene expression and  that, more specifically, (ii) breeding for better adaptation and  higher  yields  has  coordinately  selected  for  improved  resistance to background levels of root and leaf diseases, and  this  selection  appears  to  have  an  extensive  effect  on  substantial  equivalence  in  the  field  during  latent  pathogen  challenge.” (Kogel et al., 2010)  In  another  recent  paper,  dealing  with  biosynthetic  comparison between tubers and leaves of potato traits  (Ferreira  et  al.,  2010),  the  authors  come  again  to  similar  conclusions,  as  expressed  in  an  interview  of  GMO safety of the senior author3   in http://www.gmo‐ safety.eu/en/news/741.docu.html  :  “The  impact  of  transgenes  is  basically  limited  to  their  immediate  function” . And further on:   impact  of  transgenes  is  basically  limited  to  their  immediate function” . And further on:   “GMO  Safety:  The  following  statement  was  deduced  from  your findings: Conventional breeding causes more changes in  plants than the  introduction of a single transgene. Can you  make  such  a  generalization?  After  all,  you  only  looked  at  barley.  Have  comparable  studies  been  carried  out  on  other  genetically modified crops?   Uwe  Sonnewald:  As  far  as  I  know,  this  was  the  first  time  that  both  methods had been used in a simultaneous investigation. Researchers have  studied either gene expression or plant substances in wheat, potatoes and  maize and have come to very similar conclusions. The impact of transgenes  is basically  limited to their  immediate function. For example,  if  I  insert a  gene for fructan biosynthesis in potatoes, it is hardly surprising that these  potatoes then produce fructan and so differ in this way from their parent  Fig. 1  Volcano plots for differentially expressed genes. Differentially expressed genes appear above the thick horizontal lines. Genes induced _2‐ fold are on the right of the right vertical lines, and the ones repressed _2‐fold are on the left of the left vertical line. The numbers corresponding  to the differentially expressed genes induced _2‐fold for each experiment (red‐shadowed area) are red, and those corresponding to the genes  repressed _2‐fold (blue‐shadowed area) are blue. The green‐shadowed area corresponds to differentially expressed genes that were up‐ or down‐ regulated _2‐fold (green‐colored numbers). Blue‐colored genes are those with P between 0 and 0.5, and red‐colored genes are those with P  between 0.5 and 1. From (Batista et al., 2008)  3See http://www.gmo‐safety.eu/en/news/741.docu.html   Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  35  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved   lines. But only negligible additional differences were found.  I know of no  instance  where  a  more  significant  change  in  gene  expression  has  been  caused  by  a  single  transgene.  However,  great  variability  exists  between  individual varieties of all the crops mentioned and the obvious explanation  for  this  is  that  often  the  breeding  objective  is  to  create  resistance  to  external stress factors, and this involves a large number of genes.”   Again  the  same  conclusions  are  drawn  by  another  comprehensive paper of a large international collective  of authors (Barros et al., 2010):   “The aim of this study was to evaluate the use of four non‐ targeted  analytical  methodologies  in  the  detection  of  unintended  effects  that  could  be  derived  during  genetic  manipulation of crops. Three profiling technologies were used  to compare the transcriptome, proteome and metabolome of  two transgenic maize lines with the respective control line. By  comparing the profiles of the two transgenic  lines grown  in  the  same  location  over  three  growing  seasons,  we  could  determine  the  extent  of  environmental  variation,  while  the  comparison  with  the  control  maize  line  allowed  the  investigation  of  effects  caused  by  a  difference  in  genotype.  The  effect  of  growing  conditions  as  an  additional  environmental effect was also evaluated by comparing the Bt ‐maize  line with the control  line from plants grown  in three  different  locations  in one growing season.  The  environment  was shown to play an  important effect  in the protein, gene  expression and metabolite levels of the maize samples tested  where 5 proteins, 65 genes and 15 metabolites were found to  be differentially expressed. A distinct separation between the  three  growing  seasons  was  also  found  for  all  the  samples  grown in one location. Together, these environmental factors  caused  more  variation  in  the  different  transcript  ⁄ protein  ⁄ metabolite profiles than the different genotypes.” (Barros et  al., 2010).  Figure  2b  demonstrates  no  evident  differences  between GM – and non‐GM maize:  Interestingly  enough, the  parallel  short  report  on  the  website of USDA (www.isb.vt.edu) was first published  Fig. 2 Scatter plot representation of transcriptome comparisons of: (a) transgenic B102‐1‐1 line vs. control L88‐31 line in endosperm at 14 dpa  (left), 28 dpa (middle) or leaf at 8 dpg (right); (b) conventionally bred L88‐18 vs. L88‐31 line in endosperm at 14 dpa (left), 28 dpa (middle), or leaf  at 8 dpg (right); (c) transgenic B102‐1‐1 line vs. conventionally bred L88‐18 line in endosperm at 14 dpa (left), 28 dpa (middle), or leaf at 8 dpg  (right). Dots represent the normalized relative expression level of each arrayed gene for the transcriptome comparisons described. Dots in black  represent statistically significant, differentially expressed genes (DEG) at an arbitrary cut off > 1.5. The inner line on each graph represents no  change in expression. The offset dashed lines are set at a relative expression cut‐off of twofold. In the adjacent colored bar (rectangle on the far  right of the figure), the vertical axis represents relative gene expression  levels: reds  indicate overexpression, yellows average expression, and  greens under‐expression. Values are expressed as n‐fold changes. The horizontal axis of this bar represents the degree to which data can be  trusted: dark or unsaturated color represents low trust and bright or saturated color represents high trust. From (Baudo et al., 2006).  Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  36  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved   (without  notifying  the  authors)  under  a  clearly  misleading  headline    “Molecular  Profiling  Techniques  Detect  Unintended  Effects  in  Genetically  Engineered  Maize”, it was subsequently corrected on intervention  by  the  authors  to  the  original  headline  given  in  the  manuscript:  “Molecular  Profiling  Techniques  as  Tools  to  Detect  Potential  Unintended  Effects  in  Genetically  Engineered Maize” (Barros, 2010).   Based on the extensive review of (Wilson et al., 2006),  transgenesis results into deletions and insertions in the  genome of considerable size, just as radiation mutation  breeding  can  cause:  (Meza  et  al.,  2002)  show  in  genetically transformed plants:   “Transgene  silencing  has  been  correlated  with  multiple  and  complex  insertions  of  foreign  DNA,  e.g.  T‐DNA  and  vector  backbone  sequences.  No  striking  differences  were  seen  between the TS and C lines. The majority of the deletions are  <75 bp, with an average of 36 bp. The smallest deletion was 1  bp. In four cases, deletions of >100 bp were found, the largest  of 1537 bp.  Normally, the deletion represented a continuous  stretch of genomic DNA (Fig. 2A and Table 2). A somewhat  more complex pattern was observed  in only one  line (ex2±4  line 8), where a deletion of 35 bp at the integration site was  followed  by  60  bp  of  genomic  DNA  preceding  a  second  deletion of 825 bp.” (Meza et al., 2002).  It is one of the most frequent misunderstandings, that  transgenesis  causes  more  genomic  disturbance  than  conventional  breeding.  It  is  a  very  frequently  encountered  fundamental  mistakes  of  many  risk  assessment  papers  related  to  GMOs:  they  lack  the  baseline  comparison  –  which  in  the  case  of  environmental  risk  assessment  should  also  comprise  the  important elements of agricultural practice. Here,  in  chapter  3.2.  and  3.3.  we  demand  a  scientifically  founded  baseline  comparison  between  the  various  breeding methods.  4.0.  Natural  Genetically  Modified  Plants,  DNA  as  a  highly  dynamic  system  As  a  preface  to  this  chapter,  one  should  realize  the  fantastic  variability  of  cultivars,  here  demonstrated  with  an  illustration  from  (Parrott,  2010)  about  the  already ancient colorful maize landraces (Fig. 4).  It is also ironic and a clear confirmation of green myths,  that  one  of  the  genetically  most  altered  plants,  the  sunflower,  to find  it  as  a  symbol  of  naturalness  for  a  major political party in Germany (Fig. 5).  It is also worthwhile to visit the site of David Tribe with  GMO  pundit,  he  offers  an  extensive  site  on  genomic  comparison  between  GMOs  and  non‐GMOs,  with  an  impressive  collection  of  “natural  transgenic  plants”4.  See  in  particular  the  series  of  links  under  Natural  GMOs, parts 1 to 12 and 13 to 26.  Some of the arguments used by David Tribe are taken  up  here  and  enriched  with  more  arguments  and  references:  4.1. Dramatic rearrangement of R gene loci:  This class of genes diversifies more rapidly  than other genes in the crops studies  One of the major sources of genetic variability (clearly  an  evolutionary  necessity)  is  described  by  (Leister,  2005)  on  the  origin,  evolution  and  genetic  effects  of  nuclear  insertions of organelle DNA,  illustrated  in the  Fig. 5.   In Box 1, (Leister, 2005) describes in detail the various  possibilities  of  gene  flow  and  reasons  for  genomic  change:  “Box  1.  DNA  flow  between  different  genetic  compartments  Six types of DNA transfer are conceivable between the three  Fig. 3  PCA score plots of maize grown at Petit over three consecutive  years.  Separation  between  the  non‐GM  and  GM  varieties  for  (a)  microarray  data,  (b)  proteomics  data,  (c)  1H‐NMR  spectra,  (d)  gas  chromatographic ⁄ mass spectrometric (GC ⁄ MS) metabolite profiles.  From (Barros et al., 2010).  4David Tribe’s blogspot on Natural GMOs: http:// gmopundit2.blogspot.com/2005/12/collected‐links‐to‐scientific.html   Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  37  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved   DNA‐containing  organelles:  nucleus,  plastid  and  mitochondrion.    In  ptDNAs,  no  sequence  of  nuclear  or  mitochondrial  origin  has  yet  been  detected,  indicating  that  nucleus‐to‐plastid or mitochondrion‐to‐plastid transfer occurs  extremely  rarely  or  not  at  all.  During  the  early  phase  of  organelle  evolution,  organelle‐to‐nucleus  DNA  transfer  (designated in Figure I as ‘a’) resulted in a massive relocation  of functional genes to the nucleus: in yeast, as many as 75%  of  all  nuclear  genes  could  derive  from  proto‐mitochondria  [62], whereas w4500 genes in the nucleus of Arabidopsis are  of  plastid  descent  [63].  Cases  of  present‐day  organelle‐to‐ nucleus  DNA  transfer,  revealed  by  the  presence  of  NUMTs  and NUPTs, are known in most species studied so far.  Among  the few eukaryotic organisms in which norgDNA has not been  detected are the malaria mosquito (Anopheles gambiae) and  the  honeybee  (Apis  mellifera).  Mitochondrial  chromosomes  contain  segments  homologous  to  chloroplast  sequences,  as  well  as  sequences  of  nuclear  origin,  providing  indirect  evidence  for  plastid‐to‐mitochondrion  and  nucleus‐to‐ mitochondrion transfer of DNA (Figure I: ‘b’ and ‘c’). Thus, a  few  percent  of the  mtDNA  of  flowering  plants  derives  from  ptDNA,  whereas  retrotransposons  seem  to  be  the  major  source  of  nucleus‐derived  mtDNA.    Interestingly,  although  plastid‐to‐mitochondrion  and  nucleus‐tomitochondrion  DNA  transfer have been detected in almost all plant mitochondrial  chromosomes sequenced so far [64,65], there is no evidence  for the incorporation of nDNA into the mitochondrial genome  of maize [66].”  Conclusions of an earlier paper of (Leister et al., 1998):  “Our data suggest a dramatic rearrangement of R gene loci  between  related  species  and  implies  a  different  mechanism  for  nucleotide  binding  site  plus  leucine‐rich  repeat  gene  evolution compared with the rest of the monocot genome”  And further on in the same paper:  “Here we describe the isolation and characterization of NBS‐ Fig. 4   Maize from the Guatemalan highlands, showing that cross pollination takes place naturally between the  landraces. Photos courtesy of  Eduardo Roesch, from (Parrott, 2010).  Fig.  5  Sunflowers,  Helianthus  annuus  cultivar,  one  of  the  most  artificial horticultural plants as a symbol for the political party of the  greens  from  Germany:  Bündnis  90,  DIE  GRÜNEN.  http://gruene‐ senden.de/schlagzeilen/archiv.html  Fig. 6  Schematic overview of known types of intercompartment DNA  transfer. (a) Organelle‐to‐nucleus; (b) chloroplast‐to‐mitochondrion;  (c) nucleus‐to‐mitochondrion. From (Leister, 2005)  Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  38  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved   When one such unit is incorporated at the locus of a gene, it  may affect genic action. The altered action  is detected as a  mutation. Subsequent changes at the  locus,  initiated by the  extragenic unit, again can result  in change  in genic action  ; consequently,  a  new  mutation  may  be  recognized.  The  extragenic units undergo transposition from one  location to  another in the chromosome complement. It is this mechanism  that is responsible for the origin of instability at the locus of a  known  gene;  insertion  of  an  extragenic  unit  adjacent  to  it  initiates  the  instability.  The  extragenic  units  represent  systems in the nucleus that are responsible for controlling the  action  of  genes.  They  have  specificity  in  that  the  mode  of  control of genic action in any one case is a reflection of the  particular system in operation at the locus of the gene.  One  extragenic system controlling genic expression is composed of  two interacting units. It is the so‐called Dissociation‐Activator  (Ds‐Ac) system.   Both Ds and Ac undergo transposition. The  Ds  component,  when  inserted  at  the  locus  of  a  gene,  is  responsible for modification of genic expression. Subsequent  changes  at  the  locus,  initiated  by  Ds,  result  in  further  modification  of  genic  expression.  The  Ac  component  in  this  two‐unit system controls when the changes at Ds will occur.  From  the  conclusions  stated  above,  it  was  anticipated  that  the Ds‐Ac system could operate at any locus of known genic  action.  This  is  because  the  Ds  unit  may  be  transposed  to  various locations in the chromosome complement. To obtain  this  type  of  instability  at  any  one  locus  of  kn,own  genic  action, it is only necessary to provide adrquate means for its  detection. The methods used to obtain and detect this type of  instability  at  the  AI  locus  in  chromosome  3  and  at  the  A2 locus in chromosome 5 are described.  A detailed analysis of  one such case is presented in this report.”  Later commentaries of Fedoroff were summarizing the  scientific  achievements  of  McClintock,  acknowledging  her scientific merits: (Fedoroff, 1992, 1994; Fedoroff et  al., 1995; Fedoroff, 1984; Fedoroff, 1991). Especially in  the  review  published  in  the  Scientific  American,  transposons  are  well  summarized  as  a  generally  occurring  phenomenon,  having  changed  considerably  the concept of genomics, this is well illustrated in the  fact of the multicolored maize kernels (Fig. 7).  See  a  photo  from  a  landrace  preserved  as  a  cultivar  from  Thusis,  Switzerland,  visualizing  the  dynamics  of  transposition (Fig. 8).  More  comments  on  McClintocks  scientific  breakthrough  in  (Lewin,  1983;  Shapiro,  1997),  the  latter  probably  the  first  to  coin  the  term  ‘natural  genetic  engineering’.  Unfortunately,  the  dynamics  of  life DNA processes was not taken properly into account  when  the  Cartagena  protocol  on  biosafety  was  conceived.  LRR homologues via PCR from two monocot species, rice and  barley, based on structurally conserved motifs  in dicot NBS‐ LRR R genes. We have analyzed their sequence diversity and  their linkage to genetically characterized R genes. The results  from a comparative mapping in rice, barley, and foxtail millet  indicates  a  rapid  evolution  of  R  genes  in  each  species  and  suggests  possible  mechanisms  to  generate  diversity  in  resistance loci.” And:  “At  present,  rapid  sequence  divergence  and  ectopic  recombination  are  equally  possible  mechanisms  to  explain  the  lack of  intraspecific syntenic relationships detected with  our  set  of  R‐like  gene  probes.  Regardless  of  whether  the  former or latter (or both) mechanism drives the evolution of  monocot NBSLRR genes, the data shown here provides strong  evidence that this class of genes diversifies more rapidly than  the  rest  of  the  tested  monocot  genomes.”    (Leister  et  al.,  1998)  4.2.  Jumping  Genes:  Their  dynamics  falsify  the erroneous picture of regulators that DNA  is a stable string of genes  The seemingly absolute novelty of genetic engineering  on the molecular  level has been contested already  in  the  early  days  of  molecular  biology  in  the  1930s  and  1950s  with  the  discovery  of  cellular  systems  for  genome  restructuring  discovered  with  the  classic  papers of McClintock (McClintock, 1930, 1953).   1.  A  case  of  semi‐sterility  in  Zea  mays  was  found  to  be  associated  with  a  reciprocal  translocation  (segmental  interchange)  between  the  second  and  third  smallest  chromosomes.  2.  Through  observations  of  chromosome  synapsis  in  early  meiotic  prophases  of  plants  heterozygous  for  the  interchange it has been possible to locate approximately  the  point  of  interchange  in  both  chromosomes.  The  interchange was found to be unequal.  3.  An  analysis  of  the  chromosome  complements  in  the  microspores of plants heterozygous for the  interchange  indicated  that  of  the  four  chromosomes  constituting  a  ring,  those  with  homologous  spindle  fiber  attachment  regions can pass to the same pole in anaphase I and do  so in a considerable number of the sporocytes.  And  in the paper of 1953, usually cited as the classic  publication,  leading  decades  later,  including  her  relentless fight for the “jumping genes concept”: Here  the full summary of her paper:  “Previous  studies  of  the  origin  and  mode  of  expression  of  genic instability at a number of known loci in maize led to the  following  conclusions.  Extragenic  units,  carried  in  the  chromosomes, are responsible for altering genic expression.  Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  39  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved   repeats  and  cause  no  duplication  of  host  genome  sequence upon insertion.  4.4.  Polyploids,  Alloploids  in  Flowering  Plants  In  his  blog  series  part  9,  David  Tribe  sums  up  polyploidisation dynamics of higher plants6 :    “During  only  the  past  decade  [i.e  post  1985]  molecular  approaches  have  provided  a  wealth  of  data  that  have  dramatically reshaped views of polyploid evolution, providing  a much more dynamic picture than traditionally espoused. In  particular, molecular data:  (i)  demonstrate  that  both  autopolyploids  and  allopolyploids  exhibit  a  high  frequency  of  recurrent  formation (multiple origin),  (ii)  reveal  that  multiple  polyploidization  events  within  species  have  significant  genetic  and  evolutionary  implications, and  (iii)  contradict  the  traditional  view  of  autoploidy  as  being  rare and maladaptive (Soltis & Soltis, 1993).    Perhaps one of the most important contributions of molecular  data to the study of polyploid evolution is the documentation  that  a  single  polyploid  species  may  have  separate,  independent  origins  from  the  same  diploid  progenitor  species.    Multiple origins of polyploids have now been documented in  bryophytes  (Wyatt  et  al.,  1988)  and  in  >40  species  of  ferns  (e.g.,  (Werth  et  al.,  1985)  and  (Ranker  et  al.,  1989)  and  angiosperms (e.g., refs. (Brochmann et al., 1992; Doyle et al.,  1990;  Soltis  et  al.,  1995;  Song  &  Osborn,  1992).  In  fact,  molecular data  indicate that multiple origins of polyploids  are the rule and not the exception (Soltis & Soltis, 1993). In  4.3. Helitrons contribute to the lack of gene  colinearity  observed  in  modern  maize  inbreds  It  was  David  Tribe  in  his  blogspot  on  natural  transgenics part 7 linking helitrons to natural GMO’s 5   “Until  recently,  it  was  assumed  that  the  order  of  gene  sequences within modern maize would be virtually invariant.  Recent  discoveries  have  shown  that  gene  co‐linearity  is  not  always the case. Several  laboratories (1‐3) have found DNA  regions rich in gene sequences that are present in some maize  inbred  lines  but  absent  at  homologous  sites  in  other  lines.  This  variation,  termed  "intraspecific  violation  of  genetic  co‐ linearity" or "plus/minus genetic polymorphism," was shown  by  (Lal  &  Hannah,  2005)  in  a  recent  issue  of  PNAS  to  be  caused  by  a  newly  described  transposable  element  family  termed Helitrons.”  In  a  recent  review,  (Lal  et  al.,  2009)  summarize  the  importance  of  a  recently  discovered  superfamily  of  transposable  elements.  The  authors  critically  analyze  the  proposed  mechanisms  of  Helitron  transposition,  their impact on genome evolution and the process by  which these enigmatic elements capture and multiply  host genes. Intriguingly, maize Helitrons share striking  structural similarity  to  bacterial  integrons.  These  elements  capture  gene  sequences via site‐specific recombination and generate  circular  intermediates  (Hall  &  Collis,  1995).  Both  Helitrons  and  integrons  are  mobile,  lack  terminal  Fig.  7  Development  time  and  frequency  of  transposition  differ  in  mutations  caused  by  the  insertion  of  different  defective  Spm  elements.  If  transposition  takes  place  late  in  the  development,  the  clones of revertent cells are small and therefore so are the pigmented  spots (a) . If transposition takes place at about the same time but at a  lower frequency, there are fewer such clones and fewer spots (b).  If  the  transposition  that  resores  gene  function  takes  place  earlier,  the  revertant clones and the spots of the pigmented tissue are larger (c).  From (Fedoroff, 1984).  Fig.  8    Landrace  preserved  as  a  cultivar  from  Thusis,  Switzerland,  visualizing  the  colorful  dynamics  of  transposition:  Photo  Klaus  Ammann   5David Tribes blogspot No. 7: http:// gmopundit.blogspot.com/2006/01/natural‐gmos‐part‐7‐nanobot‐ genetic.html  6David Tribes blogspot No. 9: http:// gmopundit.blogspot.com/2006/01/natural‐gmos‐part‐9‐ different.html   Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  40  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved   duplicative  horizontal  gene  transfer  and  differential  gene  conversion is proposed as a hitherto unrecognized source of  genetic diversity.”  The conclusion from this chapter 4.5. is again that gene  exchange in the course of evolution has been proven,  and thus “evolutionary transgenes” are part of nature.  The  conclusion  again:  Transgenesis  belongs  to  nature  and  it  is  scientifically  not  justified  to  make  a  fundamental  distinction  between  natural  organisms  (strictly  without  transgenes)  and  artificial  organisms  containing trangenes with methods of targeted genetic  engineering.     5.0. Some conventional breeding  causes lots of genomic alteration  One  should  also  take  into  account,  that  many  of  the  conventional breeding methods such as colchicination  (Awoleye  et  al.,  1994;  Barnabás  et  al.,  1999)  and  radiation  mutation  breeding  (Reynolds  et  al.,  2000;  Shirley  et  al.,  1992)  are  obviously  more  damaging  to  the genome (Schouten & Jacobsen, 2007), and  it  is  in  addition not possible to clearly define what impact the  un‐targeted process could have caused. (Molnar et al.,  2009) reported  in detail about radiation treatment of  the  chromosome  morphology  of  wheat  hybrids:  Dicentric  chromosomes,  fragments,  and  terminal  translocations  were  most  frequently  induced  by  gamma‐radiation,  but  centric  fusions  and  internal  exchanges  were  also  more  abundant  in  the  treated  plants than  in the control amphiploids. The  irradiated  amphiploids  formed  fewer  seeds  than  untreated  plants, but on the other hand normal levels of fertility  were recovered in their offspring. On the positive side  the  authors  are  confident  that  intergenomic  translocations  will  facilitate  the  successful  introgression  of  drought  resistance  and  other  alien  traits  in  bred  wheat.  But  it  has  to  be  admitted  that  repair  mechanisms  on  the  DNA  level  are  powerful  (Baarends et al., 2001; Dong et al., 2002; Morikawa &  Shirakawa,  2001).  It  is  only  logical  that  opposition  within organic farming towards genetic engineering  is  now  expanding  also  to  some  of  those  conventional  breeding  methods,  some  go  even  so  far  as  to  reject  marker  assisted  breeding  –  typically  for  the  organic  agriculture  scene,  this  trend  is  based  on  the  myth  of  “intrinsic integrity of the genome”, for which term it is  not possible in the literature to find a proper scientific  definition based on comparisons (Ammann, 2008). The  addition  of  rejected  breeding  methods  would  ultimately  lead to an absurd situation, where most of  several  species  studied  in  detail  with  molecular  markers,  recurrent  polyploidization  was  shown  to  occur  with  great  frequency  during  short  time  spans  and  in  small  geographic  areas  ((Brochmann  et  al.,  1992;  Soltis  et  al.,  1995).  For  example,  Tragopogon  mirus  and  Tragopogon  miscellus  may  have  formed  as  many  as  9  and  21  times,  respectively,  in  a  small  region  of  eastern  Washington  and  adjacent  Idaho  during  just  the  past  50  years  (Soltis  et  al.,  1995).  The  frequent  recurrence  of  polyploidization  also  has  major  evolutionary  implications,  suggesting  that  polyploids  are  much more genetically dynamic than formerly envisioned.”    Polyploidy  is  one  of  the  most  distinctive  and  widespread modes of speciation in higher plants. Thirty  to 70%  of angiosperms, including many important crop  plants,  are  estimated  to  have  polyploidy  in  their  lineages  (Song  et  al.,  1995),  again  a  strong  argument  for the high dynamics of the genome of higher plants.    4.5.  Horizontal  Geneflow  between  Pro­ Caryotes and Eu­Caryotes  There  is  a  rich  literature  documenting  –  on  an  evolutionary  scale  –  that  horizontal  transfer  of  genes  (HGT)  between  pro‐caryotes  and  eu‐caryotes  are  not  uncommon: However, according to (Keeling & Palmer,  2008) many records of HGT (Consortium, 2001) are not  confirmed  by  phylogenetic  analysis  proving  incongruent  sequences  (Stanhope  et  al.,  2001).  This  means  that  potentially,  molecular  processes  can  transfer  foreign  genes,  so  –  actually,  all  living  organisms  are  in  that  sense  “transgenic  organisms”,  but  only  considering  evolutionary  time  scales  of  millions of years time span for the transfer event. To  be  clear,  there  is  no  evidence  of  horizontal  gene  transfer  coming  from  the  relatively  new  practice  in  modern  breeding  methods  of  genetic  engineering  (Smalla & Sobecky, 2002; Smalla & Vogel, 2007). Even  the much publicized case of HGT with a transgene  in  the  human  guts  is  based  on  clearly  wrong  interpretation  and  false  claims  (Ammann,  2002).  However, for mitochondrial DNA things are different:  According  to  (Archibald  &  Richards,  2010),  mitrochondrial  DNA  can  be  exchanges  rather  frequently:   “Parasitic  plants  and  their  hosts  have  proven  remarkably  adept  at  exchanging  fragments  of  mitochondrial  DNA.  Two  recent  studies  (Mower  et  al.,  2010;  Richardson  &  Palmer,  2007)    provide  important  mechanistic  insights  into  the  pattern,  process  and  consequences  of  horizontal  gene  transfer,  demonstrating  that  genes  can  be  transferred  in  large chunks and that gene conversion between foreign and  native genes leads to intragenic mosaicism. A model involving  Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  41  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved   In  a  letter7  to  the  executives  of  the  Convention  on  Biological  Diversity  (CBD),  the  Public  Research  and  Regulation  Initiative  (PRRI)  is  asking  for  a  scientific  discussion in order to exempt a list of GM crops from  the  expensive  regulatory  process  for  approval,  here  only the final statement:  “Bearing in mind that the method of transformation itself is  neutral,  i.e.  that  there  are  no  risks  related  to  process  of  transformation, PRRI believes that there are several types of  LMOs and traits for which ‐ on the basis of the characteristics  of the host plant, the functioning of the  inserted genes and  experience with the resulting GMO ‐ it can be concluded that  they are as safe as its conventional counterpart with respect  to  potential  effects  on  the  environment,  taking  also  into  account human health. “  In  a  recent  paper,  an  indiscriminate  continuation  of  food biosafety research  is questioned on the basis of  all the above arguments by Herman et al. (Herman et  al., 2009) with good reason:  “Compositional studies comparing transgenic crops with non‐ transgenic  crops  are  almost  universally  required  by  governmental  regulatory  bodies  to  support  the  safety  assessment  of  new  transgenic  crops.  Here  we  discuss  the  assumptions  that  led  to  this  requirement  and  lay  out  the  theoretical  and  empirical  evidence  suggesting  that  such  studies are no more necessary for evaluating the safety of  transgenic crops than they are for traditionally bred crops.”  6.1.  Perspectives  for  a  dissolution  of  this  divide  These new perspectives create hope, that solutions can  be found:  In  a  first  phase  some  of  the  widespread  transgenic  crops like transgenic maize with the Cry1Ab endotoxin  should  be  exempt  from  regulation,  which  is  indeed  possible  according  to  art.  7.4  in  the  Cartagena  Protocol.  In  COP‐MOP58  2010  in  Japan  it  should  be  possible, to amend the protocol with the introduction  of  a  dynamics  which  allows  to  start  the  regulatory  process with an initial phase focusing on the process of  transgenesis,  first  following  procedures  proposed  for  non‐target  insects  by  (Raybould,  2010;  Romeis  et  al.,  2008), but  in due time shifting  later the focus on the  product,  making  it  possible  to  abbreviate  the  regulatory process wherever possible and feasible.   the modern time traits would have to be rejected and  breeding would be forced to start from scratch.  Basically, many of the first generation GM crops should  be  today  subject  to  a  professional  debate  on  deregulation, and there  is good and sturdy reason to  state  that  many  of  these  GM  crops  should  not  have  been  treated  in  such  a  special  way  in  the  first  place,  they can be compared  in their risk potential to many  crops created with traditional methods.  This should not be misunderstood as a plea for general  deregulation  of  GM  crops,  rather  for  a  strict  and  science  based  risk  based  regulation  focusing  also  on  products, not on processes alone.  Somatic  hybridization  also  deserves  a  short  mention  here,  the  method  enabled  the  artificial  hybridization of crops which have no genomic natural  compatibility,  see  the  review  of  (Waara  &  Glimelius,  1995),  Progeny  analysis  of  some  hybrid  combinations  also  reveals  inter‐genomic  translocations  which  may  lead  to  the  introgression  of  the  alien  genes  .  Furthermore, fusion techniques enable the resynthesis  of  allopolyploid  crops  to  increase  their  genetic  variability  and  to  restore  ploidy  level  and  heterozygosity after breeding at reduced ploidy level in  polyploid crops.  6.0.  Regulatory  dissent  over  molecular  differences  causes  transatlantic divide  This actually includes a critical questioning about some  basic  rules  of  the  United  Nations  Convention  on  Biological Diversity (CBD): transgenic crops of the first  generation  should  not  have  been  generally  subjected  to  regulation  purely  based  on  the  process  of  transgenesis alone; rather it would have been wiser to  have a close look at the products in each case, as John  Maddox  already  proposed  in  1992  in  an  editorial  in  Nature  (Anonymous,  1992).  This  is  also  the  view  of  Canadian  regulators  (Andree,  2002;  Berwald  et  al.,  2006; Macdonald & Yarrow, 2002), where the novelty  of  the  crop  is  the  primary  trigger  for  regulation.  This  transatlantic  (and  transoceanic)  contrast  has  been  commented by many (Aerni et al., 2009; Bennett et al.,  1986; Kalaitzandonakes et al., 2005; Ramjoue, 2007a,  b;  Snyder  et  al.,  2008;  Thro,  2004),  and  although  for  many years a solution and mediation seemed to be too  difficult, contrasts can be overcome:  7PRRI  letter  :  http://www.pubresreg.org/index.php? option=com_docman&task=doc_download&gid=490  8Fifth meeting of the Conference of the Parties serving as the Meet‐ ing of the Parties to the Cartagena Protocol on Biosafety (COP‐MOP  5),    11  –  15.  10.  2010  Nagoya,  Japan  http://bch.cbd.int/protocol/ meetings/   Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  42  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved   The difficulties start there, where a clear definition of  PNTs  is  needed  to  come  to  a  decision:  It  means  that  plants  produced  using  recombinant  DNA  techniques,  chemical  mutagenesis,  cell  fusion,  cis‐genics  or  any  other  in‐vitro technique  leading to a novel trait, need  to undergo risk assessment in the Canadian system. No  wonder the Canadian definition of novel traits is rather  wordy, but remains broad minded:  “A  plant  variety/genotype  possessing  characteristics  that  demonstrate  neither  familiarity  nor  substantial  equivalence  to those present in a distinct, stable population of a cultivated  seed  in  Canada  and  that  have  been  intentionally  selected,  created  or  introduced  into  a  population  of  that  species  through a specific genetic change.”  7.0. Conclusions  There can be no doubt that product‐based regulatory  approaches  are  truest  to  the  scientific  principle  that  biotechnology  is not  inherently more risky than other  technologies that have a long and accepted history of  application in agriculture and food production, it is also  less  prescriptive  than  process‐based  systems,  see  McLean et al. (McLean et al., 2002).  A conceptual framework is proposed by IFPRI/ISNAR  in  2002,  the  International  Service  for  National  Agricultural  Research  (McLean  et  al.,  2002),  a  careful  evaluation  of  process‐based  versus  product‐based  triggers in regulatory action can also lead to a merger  of  both  seemingly  so  contrasting  concepts  into  a  legalized  decision  making  process  on  which  trigger  should be chosen in a case by case strategy:  “Process‐based  triggers  are  the  rule  in  almost  all  countries  that  have  developed  national  biosafety  regulatory  systems;  there are exceptions, however, where the novelty of the trait  determines  the  extent  of  regulatory  oversight  and  not  the  process  by  which  the  trait  was  introduced.  While  such  a  product‐based approach to defining the object of regulation  is  truest  to  the  scientific  principle  that  biotechnology  is  not  inherently  more  risky  than  other  technologies  that  have  a  long  and  accepted  history  of  application  in  agriculture  and  food  production,  it  is  less  prescriptive  than  process‐based  regulatory systems.”  Many  of  the  debates  on  those  two  concepts  suffer  from a lack of clear‐cut definitions, it will be important  to have a close look at the Canadian regulatory system  and the definition of PNTs (Plants with Novel Traits). In  Canada, the trigger for risk‐assessment is the novelty of  the plant rather than the methods used to produce it.  8.0. Cited literature  Aerni, P., Rae, A., & Lehmann, B. (2009) Nostalgia versus  Pragmatism? How attitudes and interests shape the  term sustainable agriculture in Switzerland and New  Zealand. Food Policy, 34, 2, pp  227‐235 http:// www.sciencedirect.com/science/article/B6VCB‐ 4V1MFKR‐1/2/b72610f6397bc5572a076cbe0ae3e599  AND http://www.botanischergarten.ch/Sustainability/ Aerni‐Nostalgia‐versus‐Pragmatism‐2009.pdf    Ammann, K. (2002) University of Newcastel report  summaries: no significant horizontal transgene transfer  detected in human guts. In Berne Debates blog,  University of Newcastle report summaries. Klaus  Ammann, Bern    http://www.ask‐force.org/web/HorizontalGT/Ammann‐ Newcastle‐Human‐Guts‐2002.PDF    Ammann, K. (2008) Feature: Integrated farming: Why  organic farmers should use transgenic crops. New  Biotechnology, 25, 2, pp  101 ‐ 107     http://www.botanischergarten.ch/NewBiotech/ Ammann‐Integrated‐Farming‐Organic‐2008.publ.pdf   AND DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.nbt.2008.08.012    Ammann, K. (2009) Feature: Why farming with high tech  methods should integrate elements of organic  agriculture. accepted, corrected proof. New  Biotechnology, 4,  pp      http://dx.doi.org/10.1016/j.nbt.2009.06.933 AND  http://www.botanischergarten.ch/NewBiotech/ Integrated‐Farming‐Biotech‐Org‐20090724‐publ.pdf  Andree, P. (2002) The biopolitics of genetically modified  organisms in Canada. Journal of Canadian Studies‐Revue  D Etudes Canadiennes, 37, 3, pp  162‐191  :// WOS:000236751100009 AND http:// www.botanischergarten.ch/Regulation/Andree‐ Biopolitics‐‐GMO‐Canada.pdf    Anonymous (1992) Products pose no special risks just  because of the processes used to make them. Nature,  356, 6364, pp  1‐2     http://dx.doi.org/10.1038/356001b0 AND http:// www.botanischergarten.ch/Regulation/Anonymous‐US‐ Regulation‐Nature‐1992.pdf  Arber, W. (1994)    MOLECULAR EVOLUTION: COMPARISON OF NATURAL  AND ENGINEERED GENETIC VARIATIONS. Pontifical  Academy of Sciences Scripta Varia, 103,  pp  90‐101     http://as8978.http.sasm3.net/roman_curia/ pontifical_academies/acdscien/archivio/s.v.103_chagas/ part3.pdf AND http://www.botanischergarten.ch/ Genomics/Arber‐Molecular‐Evolution‐Comparison‐PAS‐ 1994.pdf  Arber, W. (2000)  Genetic variation: molecular mechanisms  Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  43  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved   microspores cultured in anthero. Plant Cell Reports, 18,  10, pp  858‐862     http://dx.doi.org/10.1007/s002990050674 AND http:// www.botanischergarten.ch/Mutations/Barnabas‐ Colchicine‐Genome‐Doubling‐1999.pdf  Barros, E. (2010) Molecular Profiling Techniques as Tools to  Detect Potential Unintended Effects in Genetically  Engineered Maize (revised title), Molecular Profiling  Techniques Detect Unintended Effects in Genetically  Engineered Maize (old title). ISB News Report, May  2010,  pp  4‐7     http://www.botanischergarten.ch/Genomics/Barros‐ISB ‐News‐Report‐Genomics‐Maisze‐old‐201005.pdf AND  http://www.botanischergarten.ch/Genomics/Barros‐ISB ‐News‐Report‐Genomics‐Maize‐new‐4‐7.pdf  Barros, E., Lezar, S., Anttonen, M.J., Dijk, J.P.v., Röhlig, R.M.,  Kok, E.J., & Engel, K.‐H. (2010)    Comparison of two GM maize varieties with a near‐ isogenic non‐GM variety using transcriptomics,  proteomics and metabolomics. Plant Biotechnology  Journal, 8, 4, pp  436‐451     http://dx.doi.org/10.1111/j.1467‐7652.2009.00487.x  AND http://www.botanischergarten.ch/Genomics/ Barros‐Comparison‐GM‐crops‐2010.pdf  Batista, R., Saibo, N., Lourenco, T., & Oliveira, M.M. (2008)  Microarray analyses reveal that plant mutagenesis may  induce more transcriptomic changes than transgene  insertion. Proceedings of the National Academy of  Sciences of the United States of America, 105, 9, pp   3640‐3645     ://WOS:000253846500082 AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Batista‐ Microarray‐Analysis‐2008.pdf AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Transgenesis‐ Comparison‐Slides.pdf AND Http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Transgenesis‐ Comparison‐Slides.ppt  Baudo, M.M., Lyons, R., Powers, S., Pastori, G.M., Edwards,  K.J., Holdsworth, M.J., & Shewry, P.R. (2006)  Transgenesis has less impact on the transcriptome of  wheat grain than conventional breeding. Plant  Biotechnology Journal, 4, 4, pp  369‐380     ://000238256500001 AND http:// www.botanischergarten.ch/Organic/Baudo‐Impact‐ 2006.pdf    Bennett, D., Glasner, P., & Travis, D. (1986)  The Politics of  Uncertainty Routledge & Kegan Paul plc.,  IS: 0‐7102‐ 0503‐1, pp 218       Berg, P., Baltimore, D., Brenner, S., Roblin, R.O., & Singer,  M.F. (1975) SUMMARY STATEMENT OF ASILOMAR  CONFERENCE ON RECOMBINANT DNA‐MOLECULES.  Proceedings of the National Academy of Sciences of the  United States of America, 72, 6, pp  1981‐1984     ://WOS:A1975AG70300001 AND http:// www.botanischergarten.ch/History/Berg‐Summary‐ Statement‐Asilomar‐1975.pdf    Berg, P. & Singer, M. (1995) THE RECOMBINANT‐DNA  and impact on microbial evolution. Fems Microbiology  Reviews, 24, 1, pp  1‐7     ://000084915900001 AND http:// www.botanischergarten.ch/Mutations/Arber‐Gen‐ Variation‐FEMS‐2000.pdf    Arber, W. (2002) Roots, strategies and prospects of  functional genomics. Current Science, 83, 7, pp  826‐828     ://000178662800019 and http:// www.botanischergarten.ch/Mutations/Arber‐ Comparison‐2002.pdf    Arber, W. (2003) Elements for a theory of molecular  evolution. Gene, 317, 1‐2, pp  3‐11     ://000186667000002 and http:// www.botanischergarten.ch/Mutations/Arber‐Gene‐317‐ 2003.pdf    Arber, W. (2004) Biological evolution: Lessons to be learned  from microbial population biology and genetics.  Research in Microbiology, 155, 5, pp  297‐300     ://000222736200001 AND http:// www.botanischergarten.ch/Mutations/Arber‐Evolution‐ Lessons‐2004.pdf    Arber, W. (2010) Genetic engineering compared to natural  genetic variations. New Biotechnology, In Press,  Corrected Proof,  pp      http://www.sciencedirect.com/science/article/B8JG4‐ 504JYNT‐2/2/a7e6edd02959e1b3167158dd264f24a2  AND http://www.ask‐force.org/web/Vatican‐PAS‐NBT‐ publ/Arber‐Genetic‐Engineering‐PAS‐2010.pdf  Archibald, J. & Richards, T. (2010) Gene transfer: anything  goes in plant mitochondria. Bmc Biology, 8, 1, pp  147     http://www.biomedcentral.com/1741‐7007/8/147 AND  http://www.ask‐force.org/web/HorizontalGT/Archibald‐ Gene‐Transfer‐Mitochondria‐2010.pdf  Awoleye, F., Vanduren, M., Dolezel, J., & Novak, F.J. (1994)  NUCLEAR‐DNA CONTENT AND IN‐VITRO INDUCED  SOMATIC POLYPLOIDIZATION CASSAVA (MANIHOT‐ ESCULENTA CRANTZ) BREEDING. Euphytica, 76, 3, pp   195‐202     ://WOS:A1994PK33000005 AND http:// www.botanischergarten.ch/Radiation‐Mutants/Awoleye ‐Nuclear‐DNA‐content‐1994.pdf    Baarends, W.M., van der Laan, R., & Grootegoed, J.A. (2001)  DNA repair mechanisms and gametogenesis.  Reproduction, 121, 1, pp  31‐39     ://WOS:000168328900004 AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Baarends‐DNA‐ Repair‐Mechanisms‐2001.pdf    Banks, P.M., Xu, S.J., Wang, R.R.C., & Larkin, P.J. (1993)  VARYING CHROMOSOME COMPOSITION OF 56‐ CHROMOSOME WHEAT X THINOPYRUM‐INTERMEDIUM  PARTIAL AMPHIPLOIDS. Genome, 36, 2, pp  207‐215     ://A1993LA74500001 AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Banks‐Varying‐ Chromosome‐Composition‐1993.pdf    Barnabás, B., Obert, B., & Kovács, G. (1999) Colchicine, an  efficient genome‐doubling agent for maize (Zea mays L.)  Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  44  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved     Fedoroff, N. (1994) MCCLINTOCK,BARBARA (JUNE 16, 1902  SEPTEMBER 2, 1992). Proceedings of the American  Philosophical Society, 138, 3, pp  431‐445     ://WOS:A1994PH68500011 AND NEBIS  20090920    Fedoroff, N., Schlappi, M., & Raina, R. (1995) EPIGENETIC  REGULATION OF THE MAIZE SPM TRANSPOSON.  Bioessays, 17, 4, pp  291‐297     ://WOS:A1995QV74600004    Fedoroff, N.V. (1984) Transposable genetic elements in  maize [Corn, Zea mays]. Scientific American, 250,  pp  64 ‐74     http://www.botanischergarten.ch/Genomics/Fedoroff‐ transposable‐Elements‐Maize‐1984.pdf    Fedoroff, N.V. (1991) The Restless Gene ‐ How the Colors of  Indian Corn Have Led to an Understanding of Wandering  DNA. Sciences‐New York, 31, 1, pp  22‐28     ://WOS:A1991EM86800018     Ferreira, S.J., Senning, M., Sonnewald, S., Kessling, P.M.,  Goldstein, R., & Sonnewald, U. (2010) Comparative  transcriptome analysis coupled to X‐ray CT reveals  sucrose supply and growth velocity as major  determinants of potato tuber starch biosynthesis. BMC  Genomics, 11,  pp      ://WOS:000275291800004 AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Ferreira‐ Comparative‐Transcriptome‐Analysis‐Potato‐2010.pdf    Friedberg, E.C. (2007) The writing life of James D. Watson.  Adler Museum Bulletin, 33, 2, pp  3‐16     http://www.botanischergarten.ch/History/Friedberg‐ Writing‐Life‐James‐Watson‐2007.pdf    Ghatnekar, L., Jaarola, M., & Bengtsson, B.O. (2006) The  introgression of a functional nuclear gene from Poa to  Festuca ovina. Proceedings: Biological Sciences, 273,  1585, pp  395 ‐ 399     http://www.botanischergarten.ch/Genomics/Ghatnekar ‐Transgen‐Festuca.pdf    Hackett, P. (2002) Genetic Engineering: What are We  Fearing? Transgenic Research, 11, 2, pp  97‐99     http://dx.doi.org/10.1023/A:1015292423744 AND  http://www.botanischergarten.ch/Genomics/Hackett‐ GE‐What‐are‐we‐fearing‐2002.pdf  Hall, R.M. & Collis, C.M. (1995) Mobile gene cassettes and  integrons: capture and spread of genes by site‐specific  recombination. Molecular Microbiology, 15, 4, pp  593‐ 600     http://dx.doi.org/10.1111/j.1365‐2958.1995.tb02368.x  AND http://www.ask‐force.org/web/Genomics/Hall‐ Mobile‐Gene‐Cassettes‐1995.pdf  Herman, R.A., Chassy, B.M., & Parrott, W. (2009)  Compositional assessment of transgenic crops: an idea  whose time has passed. Trends in Biotechnology, In  Press, Corrected Proof,  pp      http://www.sciencedirect.com/science/article/B6TCW‐ 4X26XP1‐1/2/bcfd547d5f12695fc76c4fc5886ba9fc AND  CONTROVERSY ‐ 20 YEARS LATER. Bio‐Technology, 13,  10, pp  1132‐1134     ://WOS:A1995RY31800031 AND http:// www.botanischergarten.ch/History/Berg‐Recombinant‐ DNA‐Twenty‐years‐later‐1995.pdf    Berwald, D., Carter, C.A., & Gruere, G.P. (2006) Rejecting  new technology: The case of genetically modified wheat.  American Journal of Agricultural Economics, 88, 2, pp   432‐447     ://WOS:000236716200012  AND http:// www.botanischergarten.ch/Regulation/Berwald‐ Rejecting‐New‐Technology‐2006.pdf    Brochmann, C., Soltis, P.S., & Soltis, D.E. (1992) RECURRENT  FORMATION AND POLYPHYLY OF NORDIC POLYPLOIDS  IN DRABA (BRASSICACEAE). American Journal of Botany,  79, 6, pp  673‐688  :// WOS:A1992HZ92600009    Chassy, B.M. (2007) The history and future of GMOs in food  and agriculture. Cereal Foods World, 52, 4, pp  169‐172     ://000248207400002 AND http:// www.botanischergarten.ch/History/Chassy‐History‐ Future‐2007.pdf    Coll, A., Nadal, A., Collado, R., Capellades, G., Messeguer, J.,  Melé, E., Palaudelmàs, M., & Pla, M. (2009) Gene  expression profiles of MON810 and comparable non‐GM  maize varieties cultured in the field are more similar  than are those of conventional lines. Transgenic  Research, 18, 5, pp  801‐808     http://dx.doi.org/10.1007/s11248‐009‐9266‐z AND  http://www.botanischergarten.ch/Genomics/Coll‐Gene‐ Expressioin‐Profiles‐Comparable‐2009.pdf  Consortium, I.H.G.S. (2001) Initial sequencing and analysis of  the human genome. Nature, 409, 6822, pp  860‐921     http://dx.doi.org/10.1038/35057062 AND http:// www.nature.com/nature/journal/v409/n6822/ suppinfo/409860a0_S1.html AND http://www.ask‐ force.org/web/HorizontalGT/International‐Sequencing‐ Human‐Genome‐Nature‐2001.pdf  Dong, C.M., Whitford, R., & Langridge, P. (2002) A DNA  mismatch repair gene links to the Ph2 locus in wheat.  Genome, 45, 1, pp  116‐124     ://WOS:000173553000016 AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Dong‐DNA‐ Mismatch‐Repair‐Gene‐2002.pdf    Doyle, J.J., Doyle, J.L., Brown, A.H., & Grace, J.P. (1990)  Multiple origins of polyploids in the Glycine tabacina  complex inferred from chloroplast DNA polymorphism.  Proceedings of the National Academy of Sciences of the  United States of America, 87, 2, pp  714‐717     http://www.pnas.org/content/87/2/714.abstract AND  http://www.botanischergarten.ch/Genomics/Doyle‐ Multiple‐Origins‐1990.pdf  Fedoroff, N. (1992) MCCLINTOCK,BARBARA, THE GENETICIST,  THE GENIUS, THE WOMAN ‐ OBITUARY. Cell, 71, 2, pp   181‐182     ://WOS:A1992JU39500001  Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  45  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved     Leister, D., Kurth, J., Laurie, D.A., Yano, M., Sasaki, T.,  Devos, K., Graner, A., & Schulze‐Lefert, P. (1998) Rapid  reorganization of resistance gene homologues in cereal  genomes. Proceedings of the National Academy of  Sciences of the United States of America, 95, 1, pp  370‐ 375     ://WOS:000071429500070 AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Leister‐Rapid‐ Reorganization‐Reisitance.1998.pdf    Lewin, R. (1983) A Naturalist of the Genome. Science, 222,  4622, pp  402‐405     ://WOS:A1983RM23800018  AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Lewin‐Naturalist‐ Genome‐McClintock‐1983.pdf    Macdonald, P. & Yarrow, S. (2002) Regulation of Bt crops in  Canada, Iguassu Falls, Brazil Academic Press Inc Elsevier  Science 8th International Colloquium on Invertebrate  Pathology and Microbial Control/35th Annual Meeting  of the SIP/6th International Conference on Bacillus  Thuringiensis Ed.  pp 93‐99    ://000183491000002 AND http:// www.botanischergarten.ch/Regulation/MacDonald‐ Regulation‐Bt‐crops‐Canada‐2003.pdf    McClintock, B. (1930) A cytological demonstration of the  location of an interchange between two non‐ homologous chromosomes of Zea mays. Proceedings of  the National Academy of Sciences of the United States  of America, 16,  pp  791‐796     ://WOS:000201970600143 AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/McClintock‐ Cytological‐Interchange‐Location‐1930.pdf    McClintock, B. (1953) Induction of Instability at Selected Loci  in Maize. Genetics, 38, 6, pp  579‐599     ://WOS:A1953XW86100004  AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/McClintock‐ Instability‐Maize‐1953.pdf    McLean, M.A., Frederick, R.J., Traynor, P.L., Cohen, J.I., &  Komen, J. (2002) A Conceptual Framework for  Implementing Biosafety: Linking Policy, Capacity, and  Regulation, ISNAR, International Service for National  Agricultural Research pp 1‐12 ISNAR Briefing Papers   Washington DC. (Report)    ftp://ftp.cgiar.org/isnar/publicat/bp‐47.pdf AND http:// www.botanischergarten.ch/Regulation/McLean‐ Conceptual‐Framework‐ISNAR‐47‐2002.pdf    Meza, T.J., Stangeland, B., Mercy, I.S., Skarn, M., Nymoen,  D.A., Berg, A., Butenko, M.A., Hakelien, A.M., Haslekas,  C., Meza‐Zepeda, L.A., & Aalen, R.B. (2002) Analyses of  single‐copy Arabidopsis T‐DNA‐transformed lines show  that the presence of vector backbone sequences, short  inverted repeats and DNA methylation is not sufficient  or necessary for the induction of transgene silencing.  Nucleic Acids Research, 30, 20, pp  4556‐4566     ://WOS:000178826700034 AND http:// www.ask‐force.org/web/Genomics/Meza‐Analyses‐ Arabidopsis‐2002.pdf    http://www.botanischergarten.ch/Regulation/Herman‐ Compositional‐Analysis‐2009.pdf  Kalaitzandonakes, N., Marks, L., & Vickner, S.S. (2005) Sentiments and acts towards genetically modified foods.  International Journal of Biotechnology, 7, 1‐3, pp  161‐ 177     http://www.inderscience.com/search/index.php? action=record&rec_id=6452&prevQuery=&ps=10&m=or  AND http://www.botanischergarten.ch/Regulation/ Kalaitzandonakes‐Sentiments‐Acts‐2005.pdf  Keeling, P.J. & Palmer, J.D. (2008) Horizontal gene transfer in  eukaryotic evolution. Nature Reviews Genetics, 9, 8, pp   605‐618     ://WOS:000257758400011 AND http:// www.botanischergarten.ch/HorizontalGT/Keeling‐HGT‐ Eukaryotic‐Evolution‐2008.pdf    Klug, A. (2004) The Discovery of the DNA Double Helix.  Journal of Molecular Biology, 335, 1, pp  3‐26     http://www.sciencedirect.com/science/article/B6WK7‐ 4B41W2K‐4/2/181d9023626e6f1c425f384c9f3d31a4  AND http://www.botanischergarten.ch/History/Klug‐ Discovery‐DNA‐Double‐Helix‐2004.pdf AND http:// www.botanischergarten.ch/History/Klug‐Discovery‐DNA ‐Double‐Helix‐corrigendum‐2004.pdf    Kogel, K.‐H., Voll, L.M., Schaefer, P., Jansen, C., Wu, Y.,  Langen, G., Imani, J., Hofmann, J.r., Schmiedl, A.,  Sonnewald, S., von Wettstein, D., Cook, R.J., &  Sonnewald, U. (2010) Transcriptome and metabolome  profiling of field‐grown transgenic barley lack induced  differences but show cultivar‐specific variances.  Proceedings of the National Academy of Sciences, 107,  14, pp  6198‐6203     ://WOS:000276374400016 AND http:// www.ask‐force.org/web/Genomics/Kogel‐ Transcriptome‐Metabolome‐2010.pdf AND http:// www.ask‐force.org/web/Genomics/Kogel‐ Transcriptome‐Metabolome‐Supporting‐2010.pdf  Lal, S., Oetjens, M., & Hannah, L.C. (2009) Helitrons:  Enigmatic abductors and mobilizers of host genome  sequences. Plant Science, 176, 2, pp  181‐186     ://WOS:000262566600003 AND http:// www.ask‐force.org/web/Genomics/Lal‐Helitrons‐ Enigmatic‐Abductors‐2009.pdf    Lal, S.K. & Hannah, L.C. (2005) Helitrons contribute to the  lack of gene colinearity observed in modern maize  inbreds. Proceedings of the National Academy of  Sciences of the United States of America, 102, 29, pp   9993‐9994     http://www.pnas.org/content/102/29/9993.short AND  http://www.botanischergarten.ch/Genomics/Lal‐ Helitrons‐contribute‐2005.pdf  Leister, D. (2005) Origin, evolution and genetic effects of  nuclear insertions of organelle DNA. Trends in Genetics,  21, 12, pp  655‐663     ://WOS:000233672700005 AND http:// www.ask‐force.org/web/Genomics/Leister‐Origin‐ Evolution‐Genetic‐Effects‐2005.pdf  Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  46  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved     GENETIC‐EVIDENCE FOR ALLOPOLYPLOIDY IN THE  NEOTROPICAL FERN HEMIONITIS‐PINNATIFIDA  (ADIANTACEAE) AND THE RECONSTRUCTION OF AN  ANCESTRAL GENOME. Systematic Botany, 14, 4, pp  439‐ 447     ://WOS:A1989AW04900001 AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Ranker‐Genetic‐ Evidence‐Allopolyploidy‐1989.pdf    Raybould, A.F. (2010) Reducing uncertainty in regulatory  decision‐making for transgenic crops: More ecological  research or shrewder environmental risk assessment?  GM crops, 1, 1, pp  1‐7     http://www.landesbioscience.com/journals/gmcrops/ article/9776 AND http://www.botanischergarten.ch/ Regulation/Raybould‐Reducing‐uncertainty‐2010.pdf  Reynolds, M.P., van Ginkel, M., & Ribaut, J.M. (2000) Avenues for genetic modification of radiation use  efficiency in wheat. Journal of Experimental Botany, 51,   pp  459‐473     ://WOS:000085386600017 AND http:// www.botanischergarten.ch/DroughtResistance/ Reynolds‐Avenues‐Genetic‐Modification‐2000.pdf    Richardson, A.O. & Palmer, J.D. (2007) Horizontal gene  transfer in plants. Journal of Experimental Botany, 58, 1,  pp  1‐9     ://WOS:000243063800002 AND http:// www.ask‐force.org/web/HorizontalGT/Richardson‐ Horizonta‐Gene‐Transfer‐2007.pdf    Romeis, J., Bartsch, D., Bigler, F., Candolfi, M., Gielkens,  M.C., Hartley, S.E., Hellmich, R., Huesing, J.E., Jepson,  P.C., Layton, R.J., Quemada, H., Raybould, A., Rose, R.,  Schiemann, J., Sears, M.K., Shelton, M., Sweet, J.,  Vaituzis, Z., & Wolt, J.D. (2008) Assessment of risk of  insect‐resistant transgenic crops to nontarget  arthropods. Nature Biotechnology, 26, 2, pp  203‐208     http://dx.doi.org/10.1038/nbt1381 AND http:// www.nature.com/nbt/journal/v26/n2/suppinfo/ nbt1381_S1.html  AND http:// www.botanischergarten.ch/Bt/Romeis‐Nontarget‐ 2008.pdf  Schouten, H.J. & Jacobsen, E. (2007) Are mutations in  genetically modified plants dangerous? Journal of  Biomedicine and Biotechnology,  pp      ://WOS:000252054100001 AND http:// www.botanischergarten.ch/Regulation/Schouten‐ Mutations‐Dangerous‐2007.pdf    Shapiro, J.A. (1997) Genome organization, natural genetic  engineering and adaptive mutation. Trends in Genetics,  13, 3, pp  98‐104     http://www.sciencedirect.com/science/article/B6TCY‐ 3RH119N‐13/2/8e4f005e42c9889d6cc09ab2f3f2fd25  AND http://www.botanischergarten.ch/Genomics/ Shapiro‐Natural‐Genetic‐Engineering‐1997.pdf  Shewry, P.R., Baudo, M., Lovegrove, A., & Powers, S. (2007)    Are GM and conventionally bred cereals really different?  Trends in Food Science & Technology, 18, 4, pp  201‐209     ://WOS:000245784600003 AND http:// Miller, H.I. & Conko, G. (2004) Chasing 'transgenic' shadows.  Nat Biotech, 22, 6, pp  654‐655     http://dx.doi.org/10.1038/nbt0604‐654 AND http:// www.botanischergarten.ch/Bt/Miller‐Chasing‐ transgenic‐shadows‐2004.pdf  Molnar, I., Benavente, E., & Molnar‐Lang, M. (2009) Detection of intergenomic chromosome rearrangements  in irradiated Triticum aestivum ‐ Aegilops biuncialis  amphiploids by multicolour genomic in situ  hybridization. Genome, 52, 2, pp  156‐165     ://WOS:000265606300006 AND http:// www.botanischergarten.ch/Mutations/Molnar‐ Detection‐Interngenomic‐rearrangements‐2009.pdf    Morikawa, K. & Shirakawa, M. (2001) Three‐dimensional  structural views of damaged‐DNA recognition: T4  endonuclease V, E. coli Vsr protein, and human  nucleotide excision repair factor XPA (vol 460, pg 257,  2000). Mutation Research‐DNA Repair, 485, 3, pp  267‐ 268     ://WOS:000167838200009 AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Morikawa‐ Structural‐Views‐Damaged‐DNA‐2000.pdf    Mower, J., Stefanovic, S., Hao, W., Gummow, J., Jain, K.,  Ahmed, D., & Palmer, J. (2010) Horizontal acquisition of  multiple mitochondrial genes from a parasitic plant  followed by gene conversion with host mitochondrial  genes. Bmc Biology, 8, 1, pp  150     http://www.biomedcentral.com/1741‐7007/8/150 AND  http://www.ask‐force.org/web/HorizontalGT/Mower‐ Horizontal‐acquisition‐Mitochondrial‐2010.pdf  National‐Research‐Council (1989) Field Testing Genetically  Modified Organism. Framework for Decisions,  Committee on Scientific Evaluation of the Introduction  of Genetically Modified Microorganisms and Plants into  the Environment, National Research Council edn. The  National Academy Press,   pp 184     free online reading http://www.nap.edu/ catalog/1431.html    Parrott, W. (2010) Genetically modified myths and realities.  New Biotechnology, 27, 5, pp  545‐551     http://www.sciencedirect.com/science/article/B8JG4‐ 506RN94‐2/2/41a40cb121ad20dd44db6f76d34f1bd5  AND  http://www.ask‐force.org/web/Vatican‐PAS‐ Studyweek‐Elsevier‐publ‐20101130/Parrott‐Wayne‐PAS‐ Genetically‐Modified‐Myths‐20101130‐publ.pdf    Ramjoue, C. (2007a) The transatlantic rift in genetically  modified food policy. Journal of Agricultural &  Environmental Ethics, 20, 5, pp  419‐436     ://WOS:000248855000003 AND http:// www.botanischergarten.ch/Regulation/Ramjoue‐ Transatlantic‐Rift‐2007.pdf    Ramjoue, C. (2007b) The transatlantic rift in genetically  modified food policy. Doctoral Thesis, University of  Zurich, Zurich Thesis, pp  263     http://www.botanischergarten.ch/Regulation/Ramjoue‐ Thesis‐Transatlantic‐Rift‐2007.pdf    Ranker, T.A., Haufler, C.H., Soltis, P.S., & Soltis, D.E. (1989)  Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  47  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved   Rapid‐Genome‐Change‐Brassica‐1995.pdf    Song, K. & Osborn, T.C. (1992) POLYPHYLETIC ORIGINS OF  BRASSICA‐NAPUS ‐ NEW EVIDENCE BASED ON  ORGANELLE AND NUCLEAR RFLP ANALYSES. Genome,  35, 6, pp  992‐1001     ://WOS:A1992KD50000014 AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Song‐ Polyphlyletic‐Origins‐Brassica‐1962.pdf    Stanhope, M.J., Lupas, A., Italia, M.J., Koretke, K.K., Volker,  C., & Brown, J.R. (2001) Phylogenetic analyses do not  support horizontal gene transfers from bacteria to  vertebrates. Nature, 411, 6840, pp  940‐944     http://dx.doi.org/10.1038/35082058 AND http:// www.nature.com/nature/journal/v411/n6840/ suppinfo/411940a0_S1.html AND http://www.ask‐ force.org/web/HorizontalGT/Stanhope‐Phylogenetic‐ Analysis‐2001.pdf  Thro, A.M. (2004) Europe on transgenic crops: How public  plant breeding and eco‐transgenics can help in the  transatlantic debate. Commentary. In AgBioForum, Vol.  7, pp. 142‐148    http://www.agbioforum.org/v7n3/v7n3a06‐thro.htm  AND http://www.botanischergarten.ch/Thro‐Europe‐ Transgenic‐Crops‐2004.pdf    van Bueren, E.T.L., Ostergard, H., Goldringer, I., & Scholten,  O. (2008) Plant breeding for organic and sustainable,  low‐input agriculture: dealing with genotype‐ environment interactions. Euphytica, 163, 3, pp  321‐ 322     ://000258654800001 AND http:// www.botanischergarten.ch/Organic/Lammerts‐Plant‐ Breeding‐Interactions‐2008.pdf    Van Bueren, E.T.L. & Struik, P.C. (2004) The consequences of  the concept of naturalness for organic plant breeding  and propagation. Njas‐Wageningen Journal of Life  Sciences, 52, 1, pp  85‐95     ://000226051800007 AND http:// www.botanischergarten.ch/Organic/Van‐Bueren‐ Consequences‐2004.pdf    Van Bueren, E.T.L. & Struik, P.C. (2005) Integrity and rights  of plants: Ethical notions in organic plant breeding and  propagation. Journal of Agricultural & Environmental  Ethics, 18, 5, pp  479‐493     ://000231949300003 AND http:// www.botanischergarten.ch/Organic/Van‐Bueren‐Ethical ‐2005.pdf    Van Bueren, E.T.L., Struik, P.C., Tiemens‐Hulscher, M., &  Jacobsen, E. (2003) Concepts of intrinsic value and  integrity of plants in organic plant breeding and  propagation. Crop Science, 43, 6, pp  1922‐1929     ://000186477700003 AND http:// www.botanischergarten.ch/Organic/Van‐Bueren‐ Intrinsic‐2003.pdf    Waara, S. & Glimelius, K. (1995) THE POTENTIAL OF  SOMATIC HYBRIDIZATION IN CROP BREEDING.  Euphytica, 85, 1‐3, pp  217‐233   www.botanischergarten.ch/Wheat/Shewry‐Are‐GM‐ Convent‐Cereals‐different‐2007.pdf    Shirley, B.W., Hanley, S., & Goodman, H.M. (1992) EFFECTS  OF IONIZING‐RADIATION ON A PLANT GENOME ‐  ANALYSIS OF 2 ARABIDOPSIS TRANSPARENT‐TESTA  MUTATIONS. Plant Cell, 4, 3, pp  333‐347     ://WOS:A1992HL04000011 AND http:// www.ask‐force.org/web/Genomics/Shirley‐Inonizing‐ Radiation‐Arabidopsis‐1992.pdf    Sinigovets, M.E. (1987) THE CYTOGENETIC STRUCTURE OF A  56‐CHROMOSOME TRITICUM‐AESTIVUM ‐ ELYTRIGIA  INTERMEDIA HYBRIDS. Genetika, 23, 5, pp  854‐862     ://WOS:A1987H772100012    Smalla, K. & Sobecky, P.A. (2002) The prevalence and  diversity of mobile genetic elements in bacterial  communities of different environmental habitats:  insights gained from different methodological  approaches. Fems Microbiology Ecology, 42, 2, pp  165‐ 175     ://000179450100002 AND http:// www.botanischergarten.ch/HorizontalGT/Smalla‐ Review‐HGT‐2002.pdf    Smalla, K. & Vogel, T.M. (2007) Presentation of the thematic  issue on horizontal gene transfer. Environmental  Biosafety Research, 6, 1‐2, pp  1‐2     ://BIOSIS:PREV200700602019 AND http:// www.botanischergarten.ch/HorizontalGT/Smalla‐ Horizontal‐Geneflow‐2007.pdf    Snyder, L.U., Gallo, M., Fulford, S.G., Irani, T., Rudd, R.,  DiFino, S.M., & Durham, T.C. (2008) European Union's  Moratorium Impact on Food Biotechnology: A  Discussion‐Based Scenario. Journal of Natural Resources  and Life Sciences Education, 37,  pp  27‐31     ://BIOSIS:PREV200900043152 AND http:// www.botanischergarten.ch/Regulation/Snyder‐Unruh‐ European‐Moratorium‐2008.pdf    Soltis, D.E. & Soltis, P.S. (1993) MOLECULAR‐DATA AND THE  DYNAMIC NATURE OF POLYPLOIDY. Critical Reviews in  Plant Sciences, 12, 3, pp  243‐273     ://WOS:A1993LJ92200004 AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Soltis‐Molecular‐ Data‐Dynamic‐1993.pdf    Soltis, P.S., Plunkett, G.M., Novak, S.J., & Soltis, D.E. (1995)    GENETIC‐VARIATION IN TRAGOPOGON SPECIES ‐  ADDITIONAL ORIGINS OF THE ALLOTETRAPLOIDS T‐ MIRUS AND T‐MISCELLUS (COMPOSITAE). American  Journal of Botany, 82, 10, pp  1329‐1341     ://WOS:A1995TA45600015 AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Soltis‐Genetic‐ Variation‐Tragopogon‐1995.pdf    Song, K., Lu, P., Tang, K., & Osborn, T.C. (1995) Rapid  genome change in synthetic polyploids of Brassica and  its implications for polyploid evolution. Proceedings of  the National Academy of Sciences of the United States  of America, 92, 17, pp  7719‐7723     http://www.pnas.org/content/92/17/7719.abstract  AND http://www.ask‐force.org/web/Genomics/Song‐ Nepal Journal of Biotechnology. Jan. 2011, Vol. 1, No. 1: 31‐48  48  Biotechnology Society of Nepal (BSN), All rights reserved     ://WOS:A1995TF37600028 AND http:// www.ask‐force.org/web/Genomics/Waara‐Potential‐ Somatic‐Hybridization‐1995.pdf    Watson, J.D. & Crick, F.H.C. (1953a) GENETICAL  IMPLICATIONS OF THE STRUCTURE OF  DEOXYRIBONUCLEIC ACID. Nature, 171, 4361, pp  964‐ 967     ://WOS:A1953UA43900005 AND http:// www.botanischergarten.ch/History/Watson‐Crick‐ Genetical‐Implications‐DNA‐1953.pdf    Watson, J.D. & Crick, F.H.C. (1953b) MOLECULAR STRUCTURE  OF NUCLEIC ACIDS ‐ A STRUCTURE FOR DEOXYRIBOSE  NUCLEIC ACID. Nature, 171, 4356, pp  737‐738     ://WOS:A1953UA43400007 AND http:// www.botanischergarten.ch/History/Watson‐Crick‐ Molecular‐Structure‐Nucleic‐Acids‐1953.pdf    Werth, C.R., Guttman, S.I., & Eshbaugh, W.H. (1985)  RECURRING ORIGINS OF ALLOPOLYPLOID SPECIES IN  ASPLENIUM. Science, 228, 4700, pp  731‐733     ://WOS:A1985AGH4200034 AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Werth‐Recurring‐ Origins‐Asplenium‐1965.pdf    Wilkins, M.H.F., Seeds, W.E., Stokes, A.R., & Wilson, H.R.  (1953) Helical Structure of Crystalline Deoxypentose  Nucleic Acid. Nature, 172, 4382, pp  759‐762     http://dx.doi.org/10.1038/172759b0 AND http:// www.botanischergarten.ch/History/Wilkins‐Helical‐ Structure‐Desoxypentose‐1953.pdf    Wilson, A., Latham, J., & Steinbrecher, R. (2006)  Transformation‐induced mutations in transgenic plants:  Analysis and biosafety implications. . Biotechnology and  Genetic Engineering Reviews 23, 11, pp  1‐26     http://www.botanischergarten.ch/Radiation‐Mutants/ Wilson‐Transformation‐Induced‐Mutations‐2006.pdf    Wyatt, R., Odrzykoski, I.J., Stoneburner, A., Bass, H.W., &  Galau, G.A. (1988) ALLOPOLYPLOIDY IN BRYOPHYTES ‐  MULTIPLE ORIGINS OF PLAGIOMNIUM‐MEDIUM.  Proceedings of the National Academy of Sciences of the  United States of America, 85, 15, pp  5601‐5604     ://WOS:A1988P574600056 AND http:// www.botanischergarten.ch/Genomics/Wyatt‐ Allopolyploidy‐Bryophytes‐1988.pdf